三疣梭子蟹线粒体基因组单核苷酸多态性

文献类型： 中文期刊

第一作者： 赵莲

作者： 赵莲;李志辉;张培;薛蓓;赖晓芳;高焕;阎斌伦

作者机构：

关键词： 三疣梭子蟹;线粒体基因组;SNP;高分辨率熔解曲线

期刊名称： 水产学报

ISSN： 1000-0615

年卷期： 2018 年 02 期

页码： 196-203

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为获得三疣梭子蟹线粒体全基因组(mt DNA)SNP突变位点,本研究针对其mt DNA全序列设计了179对引物,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对SNP进行了筛查。在179对引物中,有89对引物具有特异性扩增结果;进一步研究表明,89对引物中共有22对引物的扩增区域含有SNP突变位点,共包含24个SNPs。统计结果显示,三疣梭子蟹线粒体基因组中的SNP分布频率为0.15/100 bp,其中转换突变比例为79.1%、颠换突变比例为16.6%;C/T(G/A)突变比率为79.1%、G/T(C/A)突变比率为8.3%、A/T突变与G/C突变的比率均各占4.16%。本研究中所获得的SNP位点分布于三疣梭子蟹线粒体基因组的11个区域,且分布不均。其中COX1基因区域的SNP数目最多,其次在D-LOOP、ND1基因区域分别为3和4个SNP位点;而t RNA、12S r RNA等其他区域尚未发现突变位点。本研究所建立的三疣梭子蟹线粒体全基因组SNP的快速筛查方法及发现的SNPs,为进一步开展三疣梭子蟹种质遗传资源多样性、增殖放流标记等方面的研究提供了分析工具。

分类号： S917.4

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