基于簇毛麦No.1026转录组的SSR序列分析及其PCR标记开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 陈竟男

作者： 陈竟男;马晓兰;王振;李仕金;谢皓;叶兴国;林志珊

作者机构：

关键词： 簇毛麦;转录组;EST-SSR;异染色体系;染色体定位;遗传多样性

期刊名称： 中国农业科学

ISSN： 0578-1752

年卷期： 2019 年 01 期

页码： 1-10

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】探究从前苏联引进的簇毛麦No.1026(Dv#4)的EST-SSR序列特征及其在染色体的分布,分析它们在不同簇毛麦间及与小麦间的多态性,为其进一步的研究与利用提供依据。【方法】通过Illumina HiSeq测序获得No.1026植株的转录组序列,利用MISA软件分析转录组SSR序列及特征,采用Primer 3设计SSR引物,随机合成238对引物,对小麦中国春与簇毛麦Dv#4和引自英国剑桥的簇毛麦Dv#2的基因组DNA进行扩增,在琼脂糖凝胶上分离评价扩增产物的多态性,并利用一套小麦-簇毛麦异染色体系进行扩增分析。【结果】检测了No.1026总长62.76 Mb的转录组序列,发现10 497个SSR位点,它们分布于8 735条Unigene上。在1—6个核苷酸的重复单元中,单、双、三碱基的重复占95.85%,其中三核苷酸串联重复数量最多,占SSR总数的50.33%,而CCG/CGG基序的重复占三核苷酸串联重复的41.66%;单核苷酸重复是第二大类型,出现频率为27.13%,其中A/T重复占单核苷酸重复的74.58%。二核苷酸重复类型的数量位列第三,占SSR总数的18.39%。在238对EST-SSR引物中,88对在中国春与簇毛麦(包括Dv#2和Dv#4)之间的扩增产物显示多态性;8对只在簇毛麦和单一异染色体系扩增;4对可在簇毛麦和多个异染色体系中特异扩增;但多数可在簇毛麦中清晰扩增的引物不能在任何异染色体系中扩增,推测可能与簇毛麦基因组及染色体导入小麦过程中的变异有关;47对(19.74%)在2份不同来源的簇毛麦Dv#2和Dv#4之间的扩增产物呈现多态性。利用1对EST-SSR引物和1个EST-PCR标记检测48个簇毛麦植株,证明多态性的SSR引物可有效用于检测簇毛麦的异质性。【结论】簇毛麦No.1026(Dv#4)的转录组中存在丰富的SSR序列,其中CCG/CGG、A/T和AG/CT等三核苷酸、单核苷酸和二核苷酸是其最主要的串联重复基序。部分EST-SSR的侧翼保守序列与单一或若干外源染色体特异相关联,据此开发特异的分子标记,可用于跟踪检测小麦背景中特异的簇毛麦染色体或染色体片段。Dv#4与Dv#2间的部分EST-SSR具有多态性,提示2份不同来源簇毛麦的表达序列间存在一定程度的遗传差异,因此,簇毛麦Dv#4值得进一步的发掘研究。

分类号： S512.1`Q943.2

  • 相关文献

[1]马铃薯转录组EST-SSR挖掘及其多样性分析. 巩檑,程永芳,甘晓燕,陈虞超,聂峰杰. 2015

[2]沙打旺EST-SSR分子标记开发及其遗传多样性分析. 宫文龙,王赞,赵桂琴,马琳,韦宝,龚攀,刘希强. 2019

[3]利用EST-SSR标记评价羽扇豆属(Lupinus L.)遗传多样性. 张红岩,杨涛,刘荣,晋芳,张力科,于海天,胡锦国,杨峰,王栋,何玉华,宗绪晓. 2020

[4]红花EST-SSR分子标记开发与初步验证. 覃瑞,陈贤军,湛蔚,向妮艳,刘虹,严兴初,黄稳,覃尔岱,李刚. 2019

[5]簇毛麦NBS类R基因相关序列的分子标记开发及其染色体定位. 马海丽,张云龙,林志珊,叶兴国,徐琼芳,陈孝,王化俊,李葆春. 2014

[6]杂交兰转录组SSR信息分析及EST-SSR标记开发应用. 钟淮钦,林榕燕,林兵,吴建设,樊荣辉,叶秀仙. 2020

[7]张溪香芋转录组测序及生物信息学分析. 王继华,罗群胜,梅瑜,杨少海. 2020

[8]双须骨舌鱼转录组EST-SSR标记开发与引物筛选. 王且鲁,刘奕,宋红梅,汪学杰,刘超,牟希东,胡隐昌,罗建仁. 2016

[9]辣椒转录组SSR挖掘及其多态性分析. 王运生,田雪亮,茆振川,邹学校,谢丙炎. 2012

[10]胡椒EST-SSR标记的开发和应用. 伍宝朵,郝朝运,范睿,杨建峰,邬华松. 2015

[11]基于转录组测序的油梨EST-SSR引物开发. 应东山,唐浩,韩瑞玺,王文林,王明,王琴飞,汤秀华,张如莲. 2018

[12]基于苹果EST-SSR的梨种质资源遗传多样性分析. 路娟,吴俊,张绍铃,吴华清,张妤艳. 2010

[13]基于EST-SSR荧光标记和毛细管电泳检测技术分析邵武碎铜茶群体遗传多样性与亲缘关系研究. 杨军,孔祥瑞,王让剑,邱丽玲,郑国华,邱陈华. 2019

[14]药用植物苦参EST-SSR标记的开发及DNA指纹图谱的构建. 段永红,雷海英,张旭,吴玉香,孙毅. 2018

[15]拟轮枝镰孢菌EST-SSR信息分析与标记开发. 李新凤,王建明,姜晓东,郝晓娟,张祖维,田宏先. 2018

[16]基于EST-SSR标记的云南大茶树遗传多样性分析. 周萌,李友勇,孙雪梅,王家金,谢瑾,成浩,汪云刚,刘本英. 2013

[17]广西部分地区野生茶树遗传关系EST-SSR标记分析. . 2019

[18]白花草木樨EST-SSR标记的开发与筛选. 剡转转,任艳,吴凡,骆凯,张代玉,闫启,张宇飞,赵玉凤,张吉宇. 2017

[19]基于最适取样策略的老芒麦种质指纹图谱构建及遗传多样性分析. 王惠知,毛丽萍,王雨涵,张宗瑜,郑玉莹,谢文刚. 2021

[20]青花菜DH群体遗传多样性的SSR分析. 孙继峰,刘玉梅,方智远,刘二艳,袁素霞,李占省,杨丽梅,庄木,张扬勇,孙培田. 2012

作者其他论文 更多>>

微信小程序