蓖麻EST资源的SSR信息分析与功能注释

文献类型： 中文期刊

第一作者： 邹枚伶

作者： 邹枚伶;夏志强;陈俊荣;王文泉

作者机构：

关键词： 蓖麻;EST-SSR;微卫星

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2012 年 33 卷 12 期

页码： 2138-2143

收录情况： CSCD

摘要： 将NCBI公共数据库62 592条蓖麻EST序列进行拼接,得到无冗余Unigene 11 708条,总长度921 kb。在无冗余序列中发现含有SSR的EST序列2 471条,共3 271个位点。SSR发生频率为27.94%,平均分布距离为2.81 kb。在1～6 bp的重复基元中,单核苷酸重复基元出现频率最高(37.51%),其次是三核苷酸重复基元(34.63%)、二核苷酸重复基元(25.61%)。出现较多的重复基元是A/T(36.32%),其次是AG/CT(18.28%)。蓖麻的EST-SSR出现频率较高、类型较丰富、多态性潜能较高,具有较高的利用价值。对蓖麻的EST-SSR功能注释(COG,SwissProt,KEGG),有9条序列注释到脂肪酸合成与代谢相关的基因,为后续有针对性开发EST-SSR标记提供重要依据,也为进一步开发蓖麻EST-SSR标记奠定基础。

分类号： S565.6

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