利用高通量测序检测新疆野苹果上的病毒

文献类型： 中文期刊

第一作者： 米美璇

作者： 米美璇;张志想;李世访;战斌慧;麦合木提江·米吉提

作者机构：

关键词： 新疆野苹果;高通量测序;苹果茎沟病毒

期刊名称： 植物保护

ISSN： 0529-1542

年卷期： 2023 年 49 卷 006 期

页码： 247-252

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 新疆野苹果Malus sieversii(Ledeb.)Roem.是苹果的祖先,也是重要的育种遗传资源,常用作砧木.近年来,新疆野苹果的分布面积骤减,对其的保护越来越重要.本研究采用高通量测序技术,对采自新疆伊犁天山野果林的26份样本进行病毒检测,检测到苹果褪绿叶斑病毒(apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)和苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV).通过RT-PCR检测所有样品(127份),检测到ACLSV、ASPV和苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus,ASGV),检出率分别为 22%、19.7%和 11%.结合 RACE PCR 技术扩增得到 ASGV 新疆野苹果分离物基因组全长序列,暂时命名为ASGV-XJ.去除3'末端poly(A)后的长度为6 506 bp,有两个彼此重叠的开放阅读框(open reading frame,ORF),ORF1(47-6 364 nt)编码一个241 kD的多聚蛋白,包含甲基转移酶(methyltransferase)、木瓜蛋白酶(papain-like-protease)、解旋酶(nucleotide triphosphate-binding helicase)、RNA 依赖的RNA 聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase)和 C 端的外壳蛋白(coat protein,CP)等;ORF2(4 798-5 760 nt)编码一个36 kD的运动蛋白(movement protein,MP).系统发育分析表明,分离物间没有表现出寄主专一性和地理分布规律.上述结果对新疆野苹果的保护工作有重要的参考意义.

分类号： S436.611.1

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