貉外周血单核细胞转录组RNA-Seq数据的denovo拼接和信息比对研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 易立

作者： 易立;仝明薇;程悦宁;程世鹏

作者机构：

关键词： 貉;外周血单核细胞;转录组;denovo拼接

期刊名称： 中国预防兽医学报

ISSN：

年卷期： 2015 年 10 期

页码： 765-769

收录情况： CSCD

摘要： 为从转录组水平上分析貉免疫分子相关信息,深入了解并研究其免疫防御机制,本研究采用2代测序技术,对貉外周血单核细胞(PBMCs)进行了RNA-Seq测序、denovo拼接和信息比对研究。结果表明,转录组测序共得到3.1GB的原始数据,共32245804个读长,去除载体信息的数据量为28797350个读长。经质量控制和denovo拼接后,对组装的转录本利用TransDecoder鉴定编码区域,共获得118868条貉转录本,其平均长度为525.53nt。利用Trinotate对ORF和contigs进行功能注释,利用Uniprotdatabase、RNAMMER、eggNOG...

分类号：

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