基于茶蛋白质组学数据分析植物亚细胞定位预测软件的应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘艳丽

作者： 刘艳丽;周媛;曹丹;马林龙;龚自明;金孝芳

作者机构：

关键词： 茶;蛋白质;亚细胞定位;预测

期刊名称： 植物科学学报

ISSN： 2095-0837

年卷期： 2020 年 38 卷 005 期

页码： 671-677

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 以500个茶(Camellia sinensis(L.)O.Ktze.)叶片的蛋白质作为数据集,比较TargetP、WoLF PSORT、LocTree和Plant-mPLoc 4种软件预测亚细胞定位的可信度和灵敏度.结果显示,4种软件预测可信度均高于80%,依次排序为TargetP>LocTree>WoLF PSORT>Plant-mPLoc.其中,LocTree对细胞质蛋白和分泌蛋白检测灵敏度最高,但对叶绿体蛋白灵敏度最低;Plant-mPLoc检测核蛋白最灵敏,但对细胞质蛋白最不敏感;TargetP检测叶绿体蛋白最灵敏,但仅能区分3个亚细胞器官;WoLF PSORT对分泌蛋白检测灵敏度最低,但对其他蛋白均较灵敏.基于上述结果,该研究针对4种软件提出了合理的使用建议.

分类号： Q943.2

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