重度冷应激下民猪背最长肌应答分子调控网络分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 马守正

作者： 马守正;汪亮;李忠秋;王文涛;刘娣;张冬杰

作者机构：

关键词： 民猪;背最长肌;冷应激;RNA-seq;lncRNA

期刊名称： 中国农业大学学报

ISSN： 1007-4333

年卷期： 2022 年 27 卷 009 期

页码： 83-95

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为解析家猪在重度冷应激下骨骼肌应答反应的分子机制,本研究利用民猪的重度冷应激模型结合RNA-seq测序技术,对遭受重度冷应激后民猪背最长肌的基因和lncRNA的表达变化、功能注释以及两者间的调控关系进行了分析.结果表明:1)民猪在遭受3 d的重度冷应激(-17℃~-26℃)后,背最长肌的53个基因发生了显著上调表达,35个基因发生了显著下调表达;53个lncRNA发生了显著上调,38个lncRNA发生了显著下调.差异表达基因中有多个与炎症反应相关的基因,如AREG、HAS1、MMP25和SLC11A1等基因发生了显著上调表达;与低温胁迫相关的TREH和与应激反应相关的TRIB3、与碳水化合物、葡萄糖和脂质代谢相关的HGFAC等基因也发生了显著上调表达.2)差异表达基因所参与的生物过程主要集中在胶原代谢、伤口愈合表皮细胞扩散和肌肉肥大调节过程等,且多位于细胞外区间;差异表达基因显著富集的生物学通路仅1个MAPK通路.3)存在显著表达差异的91个lncRNA顺式调控129个基因,反式调控750个基因,lncRNA与靶基因间的互作关系复杂.预测到的靶基因显著富集到MAPK和TNF2个生物学通路.综上,重度冷应激导致民猪背最长肌出现了炎症反应,改变了部分与炎症、低温胁迫、应激反应和营养物质代谢相关基因的表达及部分lncRNA的表达,MAPK和TNF信号通路被激活.

分类号： S813.3

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