基于RNA-seq的两种柳树转录组微卫星特征比较分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 郑纪伟

作者： 郑纪伟;周洁;王保松;何旭东

作者机构：

关键词： RNA-seq;微卫星;EST-SSR;柳树

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2019 年 05 期

页码： 1558-1566

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 随着高通量测序技术的飞速发展,转录组测序为EST-SSR标记的开发提供了重要的信息资源。为阐明柳树中EST-SSRs的变化情况,本研究以垂柳和簸箕柳转录组序列为来源,分析并比较了两种柳树中EST-SSR的分布规律及特征。结果表明:垂柳与簸箕柳中EST-SSR发生频率分别为3.6%和4.8%,SSR的重复数量和碱基类型呈负相关,而重复数量与EST-SSR总长度或EST-SSRs总数量呈正相关。二、三碱基重复在两种柳树中均为主要类型,三碱基重复占比最大(垂柳为47.5%,箕柳簸为47.8%),五碱基重复占比最小(垂柳为2.4%,簸箕柳为1.9%)。两种柳树中,(AG/CT)、(AAG/CTT)、(AAAT/ATTT)和(AAAAG/CTTTT)分别为不同碱基重复中最丰富的基元类型,而(AAACCG/CGGTTT)和(AGAGGG/CCCTCT)分别为垂柳和簸箕柳六碱基重复中最主要类型。通过侧翼序列分析,EST-SSR趋向产生于A/T富集区域。此外,共有1 305个垂柳EST-SSR和2 463个簸箕柳EST-SSR被成功定位到毛果杨染色体上。本研究将为后期柳树EST-SSR标记的开发及分子遗传学的研究提供科学依据。

分类号： S792.12

  • 相关文献

[1]基于海甘蓝RNA-Seq序列开发EST-SSR分子标记. 戚维聪,程计华,黄邦全,李坦,林峰. 2014

[2]基于表达序列标签的微卫星标记(EST-SSRs)研究进展. 李永强,李宏伟,高丽锋,何蓓如. 2004

[3]蓖麻EST资源的SSR信息分析与功能注释. 邹枚伶,夏志强,陈俊荣,王文泉. 2012

[4]EST-SSR标记的开发及在动物研究中的应用. 闫秋良,翟洪军,刘臣. 2009

[5]拟云芝降解柳树木质素的研究. 谈峰,张健,李玉娟,李敏,王莹. 2014

[6]不同柳树品种的观赏性评价. 李敏,张健,王莹,李玉娟,谈峰,丛小丽. 2012

[7]盐胁迫下3个柳树新品系生理指标的变化. 张健,李敏,李玉娟,冯立国. 2012

[8]杨树和柳树富集Cd、Zn、Pb的品种差异性. 张春燕,王瑞刚,范稚莲,施士争,丁永祯. 2013

[9]耐盐柳树BADH基因克隆及表达分析. 李敏,张健,王奎山,李玉娟,谈峰,王莹. 2013

[10]柳树液泡膜ATP酶B亚基基因克隆及在盐胁迫下的表达分析. 李敏,张健,冯立国,李玉娟,冯新民,王莹,李婷琳. 2013

[11]几种柳树苗期株高、地径生长的比较研究. 李敏,张健,唐季云,李玉娟,王莹,谈峰,丛小丽,周学梅. 2013

[12]释放花绒寄甲对柳树光肩星天牛的防治效果. 罗桂杰,刘旭,金倩. 2016

[13]耐盐柳树抗虫基因Cry3A重组表达载体的构建. 李敏,马祥建,李玉娟,王莹,谈峰,张健. 2016

[14]氮磷钾肥对柳树生长的影响研究. 谈峰,张健,李敏,李玉娟,王莹. 2015

[15]三种柳树新品系的水插生根研究. 李敏,张健,李玉娟,谈峰,丛小丽,周学梅. 2011

[16]2种观赏柳愈伤诱导外植体与最佳激素筛选试验. 王莹,张健,李敏,李玉娟,谈锋. 2014

[17]拉萨市桃剑纹夜蛾调查研究初报. 张亚玲,王保海. 2015

[18]柳树L0911截干留篼育苗效果研究. 谈峰,李敏,李玉娟,王莹,张健,周军,严伟伟,马赞留. 2014

[19]柳树杂交F_1代耐盐分离群体的构建. 李敏,张远,李玉娟,王莹,谈峰,张健. 2017

[20]盐胁迫对柳树幼苗生长及生理特性的影响. 聂莉莉,张越,刘仲齐. 2010

作者其他论文 更多>>

微信小程序