多头菊头状花序转录组SSR特点分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 吴超

作者： 吴超;郭方其;徐丹彬;付曼曼;丁晓瑜;黎侠;周勤

作者机构：

关键词： 多头菊(Chrysanthemum multiflorum);头状花序;转录组;简单重复序列

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2022 年 20 卷 018 期

页码： 6067-6075

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为开发更多的菊科菊属特异性的SSR分子标记,了解多头菊的SSR位点的分布特点,本研究对多头菊多个花色突变体的头状花序的转录组进行了 SSR分析.结果表明,分析测序共获得143 744个Unigene,总长度为128 169 452 bp(128.16 Mb),通过分析检索在23 099条Unigenes上存在28 413个SSR位点,计算发生频率为19.77%,分布频率为18.11%,在数据信息中平均分布距离为4.51 kb.在不同核苷酸重复类型中,单到三核苷酸SSR为多头菊优势位点,约占SSR总数量的90.19%.单核苷酸SSR主要以A/T类型为主,出现18 857次,占总SSR数的66.37%.二、三核苷酸SSR出现次数最多的分别是AC/GT(1 617次,5.69%)和AAC/GTT(1 111次,3.91%),四、五、六核苷酸SSR数目较少,仅占总SSR的0.48%.多头菊SSR的长度主要分布在10~24 bp,占SSR总数的89.65%.共1 272 838个SNP位点被筛选,测序信息中的发生频率为0.24%,主要类型以同类碱基转换形式(腺嘌呤A/鸟嘌呤T,胞嘧啶C/胸腺嘧啶G)存在,占所有类型的59.35%,碱基颠换类型共4种(A/T,A/C,T/G,C/G).利用软件共设计SSR引物8 920对引物,有33.78%的Unigenes(含SSR位点)能够获得SSR特异引物.本研究针对性地分析了多头菊头状花序的转录组中SSR的分布特点,了解多头菊的头状花序在发育期的分子特性,为多头菊种质资源的遗传分子机理研究提供了基础,同时为筛选和开发利用多头菊的优良分子信息提供了科学依据.

分类号： S682.11

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