水稻航天诱变突变体全基因组测序研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张志勇

作者： 蒲志刚;王平;向跃武;蔡平钟;张志雄

作者机构：

关键词： 突变体;野生型;全基因组测定;SNP;InDel;SV

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2014 年 27 卷 02 期

页码： 469-475

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 将航天诱变突变体和野生型水稻材料进行全基因组测定,以已经完成全基因组测定的籼型水稻9311基因组序列为对照,利用SOAPsnp、SOAPindel和SOAPsv软件对序列进行SNP、InDel和SV等分析。结果发现野生型中出现SNPs 348966个,插入缺失片段(1~5 bp)62 298个,结构变异9962个;突变体材料中出现SNPs 452173个,插入缺失片段(1~5 bp)66 977个,结构变异10336个。分析表明航天诱变因子对水稻基因组的诱变作用基本上平均分布,它与各对染色体的大小呈正相关。突变体中发生的诱变类型是SNPs>InDel>SV,表明航天诱变因子对水稻基因组中单碱基的改变为主要因素。本研究为探索航天诱变规律和更全面利用突变体资源奠定基础,为水稻功能基因研究和杂交水稻新资源的利用作出贡献。

分类号： S511

  • 相关文献

[1]两种水稻的镉积累能力和生理特性研究. 马志强,王培培,孙溪,靳涛. 2017

[2]棉铃虫成虫野生型与体色突变体的蛋白组成比较. 何丽华,刘培刚,陈金娥,刘岩,王永强,孟智启. 2012

[3]一个水稻开颖不育突变体ohms1的鉴定及精细定位. 孙廉平,张迎信,张沛沛,杨正福,轩丹丹,曹立勇,程式华. 2014

[4]大豆矮秆突变体的矮化机理研究及相关基因定位. 李文杨,邱丽娟. 2008

[5]芒果炭疽病菌突变体和野生型的生物学特性分析. 陈丽霞,郑服丛. 2007

[6]红掌突变体花青素含量的测定与比较. 丛汉卿,徐立,信彩云,李志英. 2009

[7]一个水稻半不育突变体的细胞学初步观察. 朱速松,赵志刚,张大双,万建民. 2010

[8]基于名优谷子品种晋谷21全基因组重测序的分子标记开发. 赵庆英,张瑞娟,王瑞良,高建华,韩渊怀,杨致荣,王兴春. 2018

[9]18个双孢蘑菇核心种质的重测序初步分析. 施肖堃,蔡志欣,郭仲杰,卢园萍,陈美元,廖剑华. 2019

[10]禾荔特晚熟焦核突变体GLL-1全基因组变异分析. 丁峰,李浩然,王金英,彭宏祥,何新华,黄小雄,李平,钟敏芝,覃燕,张树伟. 2021

[11]基于SNP和InDel标记的余甘子群体遗传分析. 普天磊,金杰,何璐,瞿文林,廖承飞,袁建民,罗会英,赵琼玲. 2023

[12]东北野生大豆核心种质单核苷酸多样性分析. 孟爽,赵洪锟,袁翠平,尹光,刘晓冬,王玉民,董英山,李建东. 2015

[13]大刍草渐渗系雌穗表型统计及SNP分子标记开发. 曹立超,樊双虎,张春义,陈茹梅. 2014

[14]基于基因组测序揭示香稻Badh2基因的变异信息. 刘之熙,朱克永,闵军,刘三雄,陈彦成. 2019

[15]基于SNP和InDel标记的巴西木薯遗传多样性与群体遗传结构分析. 孙倩,邹枚伶,张辰笈,江思容,Eder Jorge de Oliveira,张圣奎,夏志强,王文泉,李有志. 2021

[16]基于转录组测序的椰心叶甲啮小蜂SSR、SNP和InDel位点分析. 刘华伟,李朝绪,李芬,吕朝军,吴少英,覃伟权. 2021

[17]芝麻SNP和InDel标记遗传多样性、群体结构及连锁不平衡分析. 魏利斌,苗红梅,李春,段迎辉,徐芳芳,张海洋. 2017

[18]美人蕉黄条病毒扬州、长沙分离物全基因组的测定与序列分析. 朱晨,唐伟,阴筱,董玲霞,孙厚俊. 2023

[19]水稻突变体对镉的反应及其对镉的积累、分配特性. 何俊瑜,朱诚,蒋德安,陈静,孙宗修. 2004

[20]镉胁迫下敏感水稻突变体的抗氧化应答. 林冬,朱诚,胡国成,孙宗修. 2004

作者其他论文 更多>>

微信小程序