黑皮冬瓜LINE逆转座子RT序列的克隆与特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 赵芹

作者： 赵芹;谢大森;江彪;何晓明;罗少波;李明珠

作者机构：

关键词： 黑皮冬瓜;LINE逆转座子;逆转录酶;序列分析

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2015 年 36 卷 03 期

页码： 466-473

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 根据LINE逆转座子逆转录酶保守序列设计简并引物,PCR扩增黑皮冬瓜"B98K"基因组DNA,获得580 bp左右目的条带。将PCR产物回收、克隆并测序,获得23条逆转酶序列,利用生物信息学软件分析其长度变异、碱基变化、相似性及系统进化关系。结果表明:这些序列长度在557~593 bp区间变异,同源比对核苷酸序列相似性为39.0%~99.3%,存在高度异质性,主要表现为缺失突变、移码突变与终止密码子突变,核苷酸序列聚类分析分为4个家族,家族1与家族2分别包含15和5个成员,占总序列数的65.22%和21.74%。对推导的氨基酸序列分析发现,第12位氨基酸残基处存在一保守的苯丙氨酸(Phe),多处位置存在半保守氨基酸残基;氨基酸序列相似性在20.0%~99.5%之间;其中8条序列可能具有转录活性,8条与15条序列分别发生移码与终止密码子突变。与已知物种构建系统发育进化树,发现冬瓜LINE逆转座子RT序列较保守,且与拟南芥、李、油菜等有较近的亲缘关系。研究结果为后续利用分子标记研究冬瓜种质遗传变异及基因组进化奠定基础。

分类号： S642.3

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