长江草鱼群体MHC Class ⅡB的多态性和进化分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张燕

作者： 张燕;姚延丹;段辛斌;陈大庆;曾令兵;汪登强

作者机构：

关键词： 草鱼(Ctenopharyngodon idella);主要组织相容性复合体(MHC);遗传变异;进化模式

期刊名称： 淡水渔业

ISSN： 1000-6907

年卷期： 2010 年 40 卷 05 期

页码： 14-21

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 克隆及测序草鱼(Ctenopharyngodon idella)长江3个群体的主要组织相容性复合体(MHC)Class II B基因编码β1和β2区的第2和第3个外显子及两个外显子之间的内含子,分析了草鱼MHC的进化模式和种群遗传结构。结果显示:实验共定义了34个等位基因,每条序列包括长为130~136 bp的第2个外显子,长为218 bp的第3个外显子以及长81~371 bp的内含子。序列分析揭示,第2个外显子有106个核苷酸变异位点(78%)和40个氨基酸变异位点(88%),而第3个外显子有100个核苷酸变异位点(45%)和41个氨基酸变异位点(56%),β1变异要大于β2区。用β1和β2区序列分别构建的邻接(NJ)系统树均显示5个具有高支持率的谱系,结合序列变异特点和内含子长度,推测草鱼至少存在5个MHC Class II座位。分别计算β1的肽结合位点(PBR)、非肽结合位点及β2的非同义替换率(dN)和同义替换率(dS),PBR的dN/dS为2.03(P<0.05),非肽结合位点和β2则小于1,表明草鱼MHC受到歧化选择作用。根据等位基因在群体中的分布频率作分子方差分析(AMOVA),得出FST为0.37%,提示长江草鱼MHC没有遗传分化。

分类号： S917.4

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