基于GEO数据库分析番茄干旱胁迫关键基因与信号通路

文献类型： 中文期刊

第一作者： 杨巍

作者： 杨巍;唐兵;周麟笔;马关鹏;谭国飞;瞿飞;王天文;曾庆鸿;王洪亮;邓英

作者机构：

关键词： GEO数据库;番茄;干旱胁迫;生物信息学

期刊名称： 山东农业大学学报(自然科学版)

ISSN： 1000-2324

年卷期： 2022 年 53 卷 003 期

页码： 355-361

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为研究干旱胁迫对番茄生长的影响,本研究利用生物信息学分析方法筛选番茄干旱胁迫的关键基因,通过检索GEO数据库中关于番茄干旱胁迫的基因芯片数据,获取GSE39894和GSE106317两个数据集矩阵数据,利用GEO2R分析工具进行差异表达基因筛选,应用DAVID在线数据库对差异表达基因进行GO功能分析和KEEG通路富集分析,运用STRING数据库和Cystoscopes软件构建差异表达基因的蛋白互作网络,并使用MCODE及Cytohubba插件筛选出参与干旱胁迫的最显著模块及关键基因.本实验筛选出1583个差异表达基因,其中748个上调基因,835个下调基因,GO功能分析和KEEG通路富集分析表明,这些差异基因在代谢通路、次生代谢产物的生物合成、植物激素信号转导、苯丙烷生物合成等方面显著富集,蛋白互作网络分析筛选出K4C9D8_SOLLC、K4B0Q1_SOLLC、CB13_SOLLC、PSBP_SOLLC、K4BCF4_SOLLC等10个关键基因,这些差异表达基因很可能是番茄干旱胁迫潜在的生物标志物.

分类号： S641.2

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