布鲁氏菌VirB12蛋白的生物信息学分析及功能预测

文献类型： 中文期刊

第一作者： 叶锋

作者： 叶锋;马晓菁;刘丽娅;谷文喜;钟旗;易新萍

作者机构：

关键词： 布鲁氏菌;VirB12蛋白;生物信息学

期刊名称： 中国病原生物学杂志

ISSN：

年卷期： 2022 年 011 期

页码： 1247-1251

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 目的 应用生物信息学软件和方法对布鲁氏菌VirB12基因编码蛋白的结构及功能进行预测和分析。方法 从NCBI数据库中获取VirB12基因核酸序列及其编码蛋白的氨基酸序列信息；使用ProtParam及ProtScale对VirB12蛋白的理化性质和亲疏水性进行分析；运用SignalP 6.0、TMHMM和NetPhos分析预测VirB12的信号肽序列、跨膜区结构及磷酸化位点；分别运用SOPMA和SWISS MODEL预测VirB12蛋白的二级结构和三级结构；运用ABCpred和SYFPEITHI预测VirB12蛋白的B细胞和T细胞抗原表位；运用STRING预测与VirB12蛋白发生相互作用的蛋白，并对其参与的生物过程进行功能富集分析；运用MEGA X对VirB12蛋白的进化关系进行分析。结果 预测VirB12蛋白的相对分子质量为19.028×10~3。该蛋白由519个核苷酸编码，172个氨基酸残基构成，平均疏水系数为-0.229,为亲水蛋白。VirB12蛋白在N端有一段脂蛋白信号肽序列，其水解位点位于第15和第16个氨基酸之间，无跨膜区域，有11个磷酸化优势位点。二级结构中无规则卷曲（Cc）含量占43.02%,α螺旋（Hh）含量占38.95%,β折叠（Ee）占13.95%,β转角（Tt）占4.07%。该蛋白有15个B细胞优势抗原表位，6个限制性CTL细胞的抗原表位，有7个限制性Th细胞抗原表位。VirB12蛋白主要与VirB9、VirB10、VirB11、TolB和nuol蛋白存在相互作用，GO富集分析显示其主要参与细菌致病的生物学过程。结论 生物信息学分析VirB12蛋白具有良好的抗原优势表位，参与布鲁氏菌感染宿主过程，是研究布鲁氏菌致病机制的重要靶标蛋白。

分类号： R378.5

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