大豆灰斑病菌Race 15的全基因组测序分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 顾鑫

作者： 顾鑫;杨晓贺;姚亮亮;高雪冬;张茂明;刘伟;赵海红;丁俊杰

作者机构：

关键词： 大豆灰斑病;Race 15;全基因组测序;基因功能注释;毒力相关基因

期刊名称： 大豆科学

ISSN： 1000-9841

年卷期： 2021 年 40 卷 004 期

页码： 466-475

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 大豆灰斑病菌新小种Race 15具有强致病力和明显的生理分化现象,可导致传统抗病大豆品种的抗性丧失.为在基因组水平解析其致病机理,本研究对Race 15菌株进行全基因组测序和基因功能注释,并分析其毒力相关基因的代谢途径.结果表明:大豆灰斑病菌Race 15的全基因组de novo测序共产生601 794个PacBio读数,得到6 038 283 778 bp数据,经过组装得到12个contigs,N50长度为4.9 Mb,组装后得到的总序列长度为40.12 Mb.共预测到12 607个编码基因,基因密度约314个.Mb-1,预测得到了 200个tRNA,2个sRNA和13个snRNA.共有680个基因在病原与宿主互作数据库中注释,340个基因在碳水化合物酶数据库中注释,777个基因预测为次生代谢物相关基因,此外还有766个基因预测为分泌蛋白.这些与毒力相关的致病基因主要涉及细胞壁分解酶、真菌的形态构成、毒素和色素生物合成等.

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