木里柠檬叶绿体基因组特征与系统进化研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王小柯

作者： 王小柯;杨雯;周嘉;罗怿;杜致辉;李文云

作者机构：

关键词： 木里柠檬;叶绿体基因组;基因注释;偏好性;亲缘关系;碱基;密码子;系统进化树

期刊名称： 贵州农业科学

ISSN： 1001-3601

年卷期： 2025 年 53 卷 010 期

页码： 72-82

收录情况： 北大核心

摘要： 【目的】探明木里柠檬[Citrus liilion(L.) Burm.f.]叶绿体基因组特征及遗传差异，为进一步研究柑橘种质资源的遗传进化理论和开发利用提供参考。【方法】通过高通量测序技术获取木里柠檬叶绿体基因组完整序列，并进行结构注释，同时开展重复序列分析、变异检测及系统进化分析。【结果】木里柠檬叶绿体基因组全长160 122 bp,GC含量为38.48%,SSC区（小单拷贝区）、LSC区（大单拷贝区）和IRs区（反向重复区）长度分别为18 393 bp、87 733 bp和26 998 bp，共注释到133个功能基因，含88个蛋白质编码基因、8个核糖体RNA基因和37个tRNA基因。密码子偏好性分析显示，木里柠檬叶绿体基因密码子第3位碱基偏好A和U。SSR分析共检测到493个SSR位点，大部分碱基组成偏向A/T和AA/TT。检测到963个SNP位点，其中，发生碱基转换（A?G、T?C）的概率为66.56%，发生碱基颠换（A?C、A?T、T?G、C?G）的概率为33.44%。全长序列核苷酸变异分析显示，与甜橙（Citrus sinensis）、柚（Citrus maxima）、柠檬（Citrus limon）、酸橙（Citrus aurantium）相比，木里柠檬叶绿体基因序列相似度较高，共检测到15个高突变区域，大部分位于基因间隔区，SC区变异程度高于IR区。聚类结果表明，木里柠檬与甜橙、柚、柠檬、酸橙遗传距离较近。【结论】研究获得木里柠檬叶绿体基因组完整序列，筛选出493个SSR位点和963个SNP标记位点，可用于后续分子标记的开发应用。木里柠檬与甜橙、柚、柠檬、酸橙有一定亲缘关系。

分类号： S666.5

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