基因组水平上杨树NAC基因家族的初步分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 蔡斌

作者： 蔡斌;周军;李成慧;彭日荷;熊爱生;高峰;姚泉洪;章镇

作者机构：

关键词： 分子生物学;NAC;基因家族;杨树;结构域;系谱发生

期刊名称： 中南林业科技大学学报

ISSN： 1673-923X

年卷期： 2009 年 29 卷 04 期

页码： 126-131

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用其他物种的NAC蛋白,构建NAC结构域的位置特异得分矩阵(PSSM).用PSSM搜索整个杨树PopulusL.基因组,获得编码杨树NAC结构域的DNA片段在基因组上的位置信息,然后运用Perl脚本语言从基因组相应位置提取包含基因全长的序列,推测NAC基因的全长、氨基酸序列及其结构特征,并对得到的杨树NAC基因家族进行了系谱发生分析.结果表明:杨树中至少存在132个非冗余的NAC基因,系谱分析表明这些NAC基因归属于14个亚家族,同一亚家族内各基因编码NAC结构域的外显子数量和结合位置的分布具有一定的相似性.

分类号： S792.11

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