漾濞槭全基因组微卫星分布特征

文献类型： 中文期刊

第一作者： 史雯茜

作者： 史雯茜;马秋月;陈梓馨;李倩中;李淑娴;李淑顺;朱长虹;朱璐;颜坤元;杜一鸣

作者机构：

关键词： 漾濞槭;微卫星;基因组;分布特征

期刊名称： 中南林业科技大学学报

ISSN： 1673-923X

年卷期： 2024 年 44 卷 012 期

页码： 178-186

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】漾濞槭Acer yangbiense是世界濒危珍贵树种，研究其基因组中微卫星序列特征，为后期进行漾濞槭分子标记辅助育种，遗传多样性和遗传结构分析奠定基础和提供理论参考。【方法】基于测序获得的漾濞槭基因组序列，利用MISA软件进行搜索筛选，分析其微卫星分布特征。【结果】漾濞槭全基因组大小为665.89 Mb，其中筛选出1～6碱基重复类型的微卫星342 227个，总长度为5 621 833 bp，相对丰度为513.94个/Mb，相对密度为8 442.59 bp/Mb，约占整个基因组序列的0.84%。在漾濞槭6种类型的微卫星中，数量最多的碱基类型为单碱基，占6种碱基类型总数的62.23%；其次是二碱基，占总数的27.87%；三碱基、四碱基、五碱基和六碱基的数量依次减少。在各碱基重复单元中数量最多的分别为 T、AT、AAT、AAAT、TTTTA、ATGGGG；漾濞槭全基因组微卫星中，前15种优势重复单元为 T、A、AT、TA、CA、TG、C、G、AG、TC、AAT、GA、CT、TTA和ATT，其中重复单元A和T的数量最多，且远多于其他重复单元，表现出明显的A/T碱基优势。所有搜索得到的微卫星中，挂载到染色体上的微卫星数量约占微卫星总数的98.04%，长度约占微卫星总长的98.07%。其中2号染色体上分布的微卫星数量最多，约占所有染色体上微卫星总数的12.02%。【结论】漾濞槭全基因组具有丰富的微卫星序列信息，存在A碱基和T碱基偏好性。漾濞槭在12～20 bp长度范围内SSR数量最多，在漾濞槭基因组中存在大量具有潜在多态性的SSR序列，具有较高的开发应用价值。

分类号： S792.35

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