节瓜抗感镰刀菌酸突变体LINE逆转座子RT序列特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 赵芹

作者： 赵芹;谢大森;何晓明;江彪;罗少波

作者机构：

关键词： 节瓜;抗感镰刀菌酸突变体;LINE逆转座子;逆转录酶;比较分析

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2016 年 14 卷 08 期

页码： 1986-1994

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 根据LINE逆转座子逆转录酶(RT)保守序列设计简并引物,PCR扩增节瓜g DNA,获得580 bp左右目的片段;PCR产物克隆测序后经相关生物信息学软件分析,获得41条来自感枯萎病材料及其抗性突变体的RT序列。感、抗材料的序列长度变化范围分别为548~590 bp与573~590 bp,存在明显缺失突变,核苷酸序列相似性分别为73.6%~98.9%与46.1%~99.3%;核苷酸序列聚类分析分为5个家族,家族I包含29个序列,为节瓜LINE逆转座子主要家族成员。对推导氨基酸序列分析发现,感、抗材料分别包含25个与4个保守氨基酸,抗性突变体半保守氨基酸数目略少,氨基酸序列相似性分别为53.5%~100%与10.3%~100%;与抗性突变体相比,感病材料终止密码子突变发生率较高(23条,100%),移码突变生率略低(11条,47.82%);仅发现1条抗性突变体序列具转录活性。两种材料均存在较高缺失突变、终止密码子突变与移码突变发生率,表现高度异质性。将节瓜RT序列与已知物种相应序列构建系统发育进化树,表明节瓜LINE逆转座子RT序列较保守,与拟南芥、葡萄、李等亲缘关系较近。

分类号： S642.9

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