利用MISA工具对不同类型序列进行SSR标记位点挖掘的探讨

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王希

作者： 王希;陈丽;赵春雷

作者机构：

关键词： 分子标记;MISA;简单序列重复(SSR);标记位点挖掘

期刊名称： 中国农学通报

ISSN： 1000-6850

年卷期： 2016 年 32 卷 10 期

页码： 150-156

收录情况： CSCD

摘要： 为扩大MISA工具(MIcro SAtellite identification tool)的适用范围,本研究尝试用MISA对其他类型的序列进行分析,探讨关键参数对分析结果的影响。研究收集了5种类型的甜菜序列数据,探讨了不同类型序列适用的相关分析参数,以及不同参数对分析结果的影响。利用MISA工具分析了5种类型的甜菜序列,其中4种来自公共数据库,1种来自课题组前期工作。结果表明在适当的参数下,配合适当的序列库格式化处理,MISA可以应用于不同的甜菜序列类型。可分析的序列库长度上限取决于去冗余工具的要求,并影响去冗余处理的时间和结果,重复单元长度的限定参数影响位点挖掘数量和引物设计成功率,序列长度的分布范围不影响分析。应用参数调整后的脚本,从5种甜菜序列库中共挖掘出了SSR标记位点约8000个。可知MISA的应用范围可以扩展,需要调整的关键参数包括2项:序列库的长度上限与重复单元长度。建议序列长度在程序与硬件允许的情况下尽量长,重复单元长度根据研究目标调整。

分类号： S566.3`Q811.4

  • 相关文献

[1]高粱SSR分子标记反应体系的建立和优化. 李玥莹,邹剑秋,徐秀明. 2007

[2]海带转录组SSR序列特征及其相关基因功能分析. 李秋莹,张杰,姚建亭,王秀良,段德麟. 2016

[3]中泰南五味子转录组测序及生物信息学分析. 李静宇,徐友阳,蔡时可,王继华. 2022

[4]大豆异黄酮含量相关SSR分子标记的研究. 傅旭军,朱申龙,朱丹华,袁凤杰,杨清华,郁晓敏,董德坤. 2016

[5]EST-SSR分子标记在茶树品种鉴别中的应用. 张毅,胡定金. 2012

[6]柑桔线虫抗性主基因座Tyr1的特异标记开发与遗传作图改进(英文). 向旭,邓占鳌,郑启发,陈存贤,Frederick G.Gmitter Jr. 2009

[7]长臀鮠遗传多样性研究概况. 孔杰,蒋晓红,周洲,张竹青,周路,李道友. 2016

[8]高粱遗传图谱构建及分子标记研究进展. 葛占宇,马尚耀,成慧娟,严福忠,王立新,王岩. 2012

[9]高粱抗蚜的分子标记RAPD初步分析. 李玥莹,徐兰兰,邹剑秋. 2006

[10]SSR标记遗传距离与粳稻杂种优势的相关性分析. 赵庆勇,朱镇,张亚东,赵凌,陈涛,张巧凤,王才林. 2009

[11]藜麦EST-SSR的开发及通用性分析. 张体付,戚维聪,顾闽峰,张晓林,李坦,赵涵. 2016

[12]苜蓿重要农艺性状关联分子标记研究进展. 陈丽,金樑,王晓娟. 2009

[13]强筋小麦分子标记多重PCR体系的构建与应用. 梁强,张晓科,尉倩,王晓龙,张晶,孙道杰,付晓洁. 2011

[14]一个普通小麦Trx超家族新基因TaNRX的克隆与抗旱相关标记开发. 张帆,蒋雷,鞠丽萍,金秀锋,王轩,张晓科,王宏礼,付晓洁. 2014

[15]籼粳杂种不育的遗传模式及亲和基因的研究进展. 丁效华. 2000

[16]大麻性别研究进展. 李仕金,辛培尧,周军,杨明. 2008

[17]大豆分子标记在RIL群体中的偏分离分析. 刘峰,吴晓雷,陈受宜. 2000

[18]现代生物技术在辽宁省农作物育种上的应用. 林凤,杨立国,石太渊,赵海岩,郑文静,王金艳,肖军. 2003

[19]分子标记在鲟鱼研究中的应用. 孔杰,关梅,周洲,李建光. 2013

[20]小麦骨干亲本碧蚂4号的基因组特异位点及其在衍生后代中的传递. 袁园园,王庆专,崔法,张景涛,杜斌,王洪刚. 2010

作者其他论文 更多>>

微信小程序