文献类型： 中文期刊
第一作者： 任钰为
作者： 任钰为;王峰;王成;张艳;孙瑞萍;刘海隆;乔传民;邢漫萍;黄丽丽;曹宗喜;晁哲
作者机构：
关键词： 五指山猪;全基因组重测序;单核苷酸多态性;XP-CLR选择信号;炎症因子;脂类代谢
期刊名称： 畜牧兽医学报
ISSN： 0366-6964
年卷期： 2022 年 012 期
页码： 4172-4182
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 旨在探究五指山猪和杜洛克猪免疫和脂质代谢相关基因的选择信号差异。本研究从海南国家级五指山猪保种场采集30头4月龄健康（10公，20母）五指山猪的耳组织进行全基因组重测序（whole genome sequencing, WGS）,从NCBI数据库下载29头杜洛克猪全基因组重测序数据（SRA:PRJNA378496）;通过生物信息学方法分析59个样本WGS数据的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNPs）,进行SNPs过滤，定位SNPs在基因组的位置，分析其结构特征和基因型频率，并注释对应基因的功能；使用XP-CLR方法筛选五指山猪基因组受到强烈选择的区域，分析两个品种相关通路基因的功能差异。结果表明，五指山猪平均每个样本共筛选到36 961 902个SNPs位点，内含子区域分布最多，平均每个样本16 729 364个，约占45.26%,编码区（起始、终止密码子）平均有2 073个SNPs;五指山猪受选择的基因组区域主要集中在免疫、代谢和神经功能相关通路；免疫反应通路中，9个基因（TGFBR2、IL26、IL15、BMPR2、TNFSF15、TNFSF4、TNFSF8、ACKR4、TNFRSF11B）功能区域SNPs位点在五指山猪中只存在一种突变纯合基因型，而在杜洛克猪大部分个体中存在3种基因型（野生纯合基因型、杂合子、突变纯合基因型）,其中野生纯合基因型比例最高；脂类代谢通路中，关键调节基因IRS2、PRKG1、ADCY5的基因型频率与免疫反应基因类似。在五指山猪中突变纯合基因型比例为100%,在杜洛克猪中野生纯合基因型所占比例为48%～93%（14/29-27/29）。本研究筛选出与五指山猪免疫性状相关的候选基因9个、与脂类代谢相关的候选基因3个，发现五指山猪免疫、代谢和神经功能相关基因的受选择程度强于杜洛克猪，为揭示五指山猪特色性状形成的分子机制提供参考。
分类号： S828.2
- 相关文献
[1]基于重测序的籽粒型和鲜食型大豆的全基因组变异分析. 郭丹丹,袁凤杰,郁晓敏. 2019
[2]基于全基因重测序的芒果细菌性角斑病抗性相关SNP分析. 徐志豪,周思思,詹儒林,姚全胜,柳凤. 2024
[3]基于全基因组重测序的野生型大麻和栽培型大麻的多态性SNP分析. 陈璇,郭蓉,王璐,柳延虎,郭孟璧,许艳萍,郭鸿彦,杨明,张庆滢. 2018
[4]基于重测序的南方高蛋白大豆品种福豆234的遗传变异. 张玉梅,萧涵,蓝新隆,夏春英,林国强. 2024
[5]维生素E对高脂饲料养殖大菱鲆生长、脂类代谢和抗氧化性能的影响. 牛化欣,雷霁霖,常杰,周兴,贾玉东,高淳仁. 2014
[6]miR-33靶向调控鸡CHPT1基因表达. 邵芳,王星果,郁建锋,李辉,顾志良. 2019
[7]饲粮铜水平对冬毛期水貂血清脂类代谢指标、血液参数、肠道消化酶活性及胆汁微量元素含量的影响. 吴学壮,杨颖,刘志,高秀华,杨福合,杨培龙,邢秀梅. 2018
[8]稀土壳糖胺对泌乳奶牛血液生理生化指标及脂类代谢的影响. 户如霞,周凌云,卜登攀,程建波,李发弟,任春燕,赵海燕,董淑慧. 2013
[9]饲粮烟酸水平对产蛋高峰期山麻鸭产蛋性能、蛋品质和脂类代谢的影响. 王爽,张亚男,李凯潮,夏伟光,黄雪冰,王胜林,陈伟,郑春田. 2023
[10]鱼类脂类代谢调控与脂肪肝. 程汉良,夏德全,吴婷婷. 2006
[11]饲粮亚油酸水平对产蛋初期蛋鸭产蛋性能、蛋品质及脂类代谢的影响. 王爽,陈伟,阮栋,王胜林,林映才,郑春田. 2015
[12]茶多酚对蛋鸡生产性能、脂类代谢及蛋品品质的影响. 楼洪兴,林智,王友明,卢福庄,谭俊峰,尹军峰,杨钟鸣. 2004
[13]不同植物油对肉猪脂类代谢及相关基因表达的影响. 申爱华,李保全,周蔚,齐梅. 2015
[14]饲粮烟酸添加水平对产蛋初期蛋鸭产蛋性能、蛋品质及血浆生化指标的影响. 王爽,张罕星,阮栋,陈伟,林映才. 2014
[15]鱼类瘦素的研究进展. 高金伟,习丙文,谢骏. 2017
[16]苜草素对肉仔鸡免疫、内分泌和脂类代谢的一些指标的影响. 董晓芳,江勇,高微微,萨仁娜,张琪,佟建明. 2007
[17]人工饲养条件下额外投喂海蜇对银鲳生长及代谢酶活性的影响. 赵家兴,张晨捷,高权新,彭士明,施兆鸿. 2018
[18]家禽脂类代谢的营养调控及其分子机理研究进展. 杜雪,田勇,卢立志. 2016
[19]超微绿茶粉对良凤花鸡脂类代谢的影响. 李丽莉,莫传俊,谭本杰,郭辉. 2011
[20]饲粮中椰子粕和复合酶添加水平对蛋鸭抗氧化及脂类代谢指标的影响. 王爽,夏伟光,陈伟,黄雪冰,李凯潮,金成龙,王胜林,郑春田,张亚男. 2023
作者其他论文 更多>>
-
汉源地区花椒挥发油GC-MS指纹图谱的构建
作者：张艳;何飞;潘文慧;龚霞;温铿;张月滢;王海峰;李佩洪;吴银明;曾攀;钟珉菡
关键词：汉源;花椒;挥发油;GC-MS指纹图谱;聚类分析
-
大豆不同生长发育阶段营养品质和代谢物动态变化规律研究
作者：陈悦;杨怡中;曾凯;施梦迪;刘舒畅;拜尔齐古丽·麦麦提艾力;王成;侯旭杰;战勇;刘峰娟
关键词：不同生长发育阶段;新大豆8号;营养品质;非靶向代谢组学;代谢差异物;代谢通路
-
高糖甜瓜样本同位素分析稳定性评估及产地溯源研究
作者：黄娇娇;杨岚琪;刘志;王成;何伟忠;刘峰娟;范盈盈;沈琦
关键词：高糖甜瓜;稳定同位素分析;稳定性评估;产地溯源;PLS-DA建模
-
犬气管切除及吻合术
作者：尹珺伊;金振华;张艳;苗艳;薛沾枚;兰世捷;张蕾;曹禹
关键词：
-
黄芩提取液对驴源大肠杆菌耐药性消除作用研究
作者：吴涛;韩华;刘雪松;李莉;吴宪;陈亮;徐婷婷;兰世捷;张艳;江波涛
关键词：大肠杆菌;驴源;黄芩;耐药性
-
乳酸菌来源细胞外囊泡的研究进展
作者：孙军航;罗梅英;张小芳;祝媛媛;孙瑞萍;柒启恩
关键词：乳酸菌;细胞外囊泡;生物学功能
-
苜蓿生物活性成分及其在畜禽生产中的应用
作者：薛沾枚;张备;张艳;刘雪松;刘秋瑾;林秀蔚;张国华;沈思思;钟鹏
关键词：苜蓿;生物活性;畜禽;应用
