桃基因密码子使用模式及其偏好性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李若愚

作者： 李若愚;张小丹;马昕怡;郭瑞;颜少宾;金光;周平

作者机构：

关键词： 桃（Prunus persica）;密码子使用模式;密码子使用偏好性

期刊名称： 分子植物育种

ISSN：

年卷期： 2021 年 003 期

页码： 799-807

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为深入研究桃密码子使用特征,本研究基于桃（Prunus persica）基因组26 873个注释基因编码序列的GC含量特征、有效密码子数（ENC）和同义密码子相对使用频率（RSCU）等参数的计算,统计分析了桃基因组密码子的偏好性及其密码子使用模式。分析结果表明桃密码子使用具有偏好性,61个密码子中存在4个密码子TCA,ACA,GCA,GAA为桃最优密码子,它们均以A结尾。进一步统计桃与其它9种近缘蔷薇科植物的密码子使用频率,发现近缘种属的密码子使用规律具有一定相似性。研究同时发现桃基因组tRNA基因拷贝数与氨基酸及特定密码子的出现频率呈正相关。这些结果揭示了桃基因组密码子的使用模式,为相关密码子使用机制研究及基因工程改良提供了重要的参考。

分类号： S662.1

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