低温胁迫下民猪骨骼肌的转录调控分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张冬杰

作者： 张冬杰;汪亮;马红;李忠秋;王文涛;刘娣

作者机构：

关键词： 民猪;骨骼肌;低温胁迫;RNA-seq;lncRNA

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2022 年 008 期

页码： 2524-2536

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了揭示民猪优良种质特性的遗传机理，解析其低温适应机制。本试验将6头6月龄体重相近的雌性民猪随机分成2组，每组3头个体。对照组个体置于温度控制在（18±2）℃的猪舍内，试验组个体置于室外的半敞篷舍内饲养，环境温度从第1天的5℃/-5℃降到最后1天的-15℃/-24℃,共处理了58 d。两组个体均保证自由采食和饮水，试验结束后，屠宰全部个体，取背最长肌进行RNA-seq。筛选民猪骨骼肌受低温诱导的基因和lncRNA,并对它们进行功能注释以及两者间调控关系的分析。RNA测序分析显示，民猪在经历58 d的低温胁迫后，骨骼肌内86个基因发生了显著上调，16个基因发生了显著下调；112个lncRNAs发生了显著上调，74个lncRNAs发生了显著下调。在发生显著上调的基因中，有4个与神经系统相关的基因NTSR2、ARC、FOSL1和RCAN1发生了显著上调，7个与基质转运相关的基因SLC2A4、SLC2A5、SLC4A10、SLC19A2、SLC20A1、SLC28A1和SLC38A2,6个与炎症和免疫相关的基因AREG、CISH、OTUD1、TRIB1、GPA33和ITPKC均发生了显著上调。而与昼夜节律相关的ARNTL基因和抑制细胞增殖的RASL11A基因等发生了显著下调。低温胁迫下，差异表达基因显著富集到细胞凋亡、直肠癌和癌症的转录误调节通路，说明细胞的增殖和凋亡受到影响。显著变化的lncRNA主要以反式调控作用于靶基因，且与靶基因间的互作关系复杂，它们调控的靶基因富集到单纯疱疹病毒1感染通路、MAPK信号通路和范可尼贫血通路。此外，再无其他通路受到影响。低温胁迫影响了民猪的神经和免疫系统，使细胞内的物质转运发生了变化，细胞的生长、分化也受到了影响，但由于基因发生变化的倍数较小（1～2倍为主）,且受影响的通路较少（仅3条）,因此推测低温胁迫并未对民猪的骨骼肌造成严重损伤。

分类号： S828.2

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