基于16S rRNA高通量测序技术分析梅花鹿瘤胃微生物多样性和功能预测的研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 曲磊

作者： 曲磊;关诗宇;谷兴亮;秦立红

作者机构：

关键词： 梅花鹿;瘤胃微生物;16S rRNA;功能预测

期刊名称： 饲料研究

ISSN： 1002-2813

年卷期： 2025 年 48 卷 005 期

页码： 102-106

收录情况： 北大核心

摘要： 试验旨在探究成年梅花鹿母鹿瘤胃内微生物的多样性及其功能预测，利用16S rRNA高通量测序技术分析瘤胃液样品菌群结构，利用PICRUSt2进行功能预测。结果显示，通过Illumina NovaSeq测序平台共获得289 424条优质序列，聚类分析共得到7 547条操作分类单元（OTU）。Alpha多样性指数表明，梅花鹿瘤胃微生物群落丰富度（Chao1=1 510.99,Ace=1 520.92）及多样性（Simpson=0.99,Shannon=8.50）均较高。优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes,51.47%）、拟杆菌门（Bacteroidota,36.94%），优势菌目为拟杆菌目（Bacteroidales,36.91%）、毛螺菌目（Lachnospirales, 15.32%）、颤螺旋菌目（Oscillospirales, 10.54%），优势菌属为普雷沃氏菌属（Prevotella, 10.78%）、未培养＿瘤胃细菌属（uncultured＿rumen＿bacterium, 9.27%）及理研菌科RC9肠道群（Rikenellaceae＿RC9＿gut＿group,8.66%）。KEGG数据库分析得到6类一级水平代谢通路，COG数据库分布在24个COG类别。功能类别主要集中在一般功能预测、氨基酸转运和代谢、翻译，核糖体结构和生物转化、转录、碳水化合物的运输和代谢。研究表明，梅花鹿瘤胃菌落具有明显的多样性，含有丰富的降解纤维素的微生物，试验结果可为挖掘梅花鹿瘤胃微生物功能基因提供参考。

分类号： S825

  • 相关文献

[1]基于高通量测序分析牛呼吸系统疾病鼻咽微生物多样性和功能预测研究. 张静,张涛,卢昱希,任荣清,黄波,周思旋,王婧,赵春萍,史开志,张雄. 2021

[2]梅花鹿瘤胃微生物的研究进展. 韦海婷,刘晗璐,李光玉,刘晓颖. 2017

[3]基于16SrRNA基因序列分析梅花鹿瘤胃细菌多样性. 李志鹏. 2014

[4]梅花鹿瘤胃液中芽孢杆菌的分离鉴定与系统发育树构建. 刘晓颖,王卓,刘晗璐,鲍坤,李光玉. 2019

[5]芸芥木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶基因EsXTH1的cDNA克隆和生物信息学分析. 陈姣荣,方彦,孙万仓,令利军,姜海杨. 2013

[6]新抗菌肽设计及活性与功能预测. 杨丽敏,黄燕,张日俊. 2013

[7]谷子XTH基因家族与抗旱相关基因的分析. 元香梅,禾璐,张凯烨,武雪,马芳芳,王军,韩渊怀. 2017

[8]谷子WRKY转录因子对白发病菌胁迫的响应. 王慧娜,王鹤,韩彦卿,田娜娜,程富英,张义茹,韩渊怀. 2020

[9]穿心莲R2R3-MYB基因家族的鉴定与表达分析. 李静宇,孙铭阳,徐世强,孙伟,顾艳,梅瑜,王继华. 2022

[10]连作龙胆草根际土壤细菌多样性及功能预测分析. 高嵩,孙文松,温健,李晓丽,杨正书,李玲. 2021

[11]不同品种苹果树内生细菌群落多样性及功能. 古丽尼沙·沙依木,张志东,杨波,章世奎,唐琦勇,宋素琴,朱静,郭春苗,顾美英. 2020

[12]芽孢杆菌菌株TYF-B5-5的产乙醇特性及其全基因组测序分析. 郭宴君,樊璐璐,何永吉,郭春绒,范晓军. 2020

[13]杜仲SQS基因的特征信息分析. 雷跃,杨仕梅,张天缘,赵德刚,宋莉. 2019

[14]百脉根Hsp70s基因家族的生物信息学分析. 杨芳,杨仕梅,罗雪,吴佳海,宋莉. 2020

[15]黑龙江省粳稻田间与储藏真菌群落演替规律研究. 杨焕春,李勇,单宏,李莉莉,兰静,赵琳,孙向东. 2020

[16]双孢蘑菇发酵培养料细菌菌群结构及其功能预测. 隽加香,肖婷婷,王倩,宋晓霞,沈新芬,高飞,陈明杰,黄建春. 2019

[17]土壤微生物对异噁草酮连续施用的响应. 张盈,吴小虎,李晓刚,段婷婷,徐军,董丰收,刘新刚,郑永权. 2020

[18]基于宏基因组方法分析养猪发酵床微生物组季节性变化. 陈倩倩,刘波,王阶平,朱育菁,张海峰. 2018

[19]稻-虾共作模式下水体和土壤细菌群落特征研究. 覃宝利,韩光明,吴雷明,张家宏,王守红,朱凌宇,毕建花,寇祥明,葛恒来,陈选青,唐金玉. 2024

[20]花生NAC类新基因AhNAC1的克隆及序列分析. 邵凤霞,柳展基,魏丽奇,曹敏,毕玉平. 2008

作者其他论文 更多>>

微信小程序