柑橘裂皮类病毒(CEVd)的种群结构及遗传变异分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 夏凯峰

作者： 夏凯峰;戚志恩;夏思丹;邢飞

作者机构：

关键词： 柑橘;CEVd;基因组;种群结构;遗传变异

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2025 年 38 卷 005 期

页码： 912-919

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]柑橘裂皮类病毒(Citrus exocortis viroid,CEVd)是威胁全球柑橘产业健康发展的重要病原,了解CEVd全球种群的组成及遗传变异对于有效防控病害具有重要意义.[方法]基于GenBank数据库中已登录的306条CEVd全基因组序列,对其进行多重序列比较、碱基变异分析、聚类分析及系统发育分析.[结果]相似性分析结果表明,306条CEVd序列由249种序列相似但不完全相同的变体组成,种群结构符合准种模式,以来自中国柑橘的HQ284019、来自塞浦路斯佛手柑的HF954920和柚子的HF954917为3种主流变体;与CEVd的参考序列(NC001464)相比,发现变异区域、变异碱基具有一定的偏好性,碱基转换中AG+GA间转换频率(1000次)高于CT+TC间转换频率(479次),AG转换发生频率最高(609次);碱基颠换中AT颠换发生变异频率最高(505次),CA颠换发生变异频率最低(88次);变异位点在基因组上分布不均匀,部分变异表现出地理和寄主特异性;分析变异在CEVd二级结构上分布发现,位于环状结构上的变异次数明显多于双链上,分别为3147次、1769次,并发现2个新的保守区域;使用轮廓系数评估确定聚类数为4时能够最佳反映序列数据的内部结构;Hamming距离计算结果显示,相比于其他3个Clus-ter,Cluster 4 的群内相似性较低,组内序列存在显著的遗传差异,相似性热图和系统发育树结果表明Cluster4聚类内序列的相似性分布较分散,在遗传关系上存在显著分歧,可能对CEVd的演化产生较大选择压力.[结论]研究揭示了 CEVd在进化过程中经历了较大变异,序列变异频率高,种群结构多样,为CEVd监测、防控和致病性研究提供一定的参考.

分类号： S436.661

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