油莎豆转录组测序及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 陈阳

作者： 陈阳;闫文芝;张春;武悦;佟臻昊;顾敏;单飞彪

作者机构：

关键词： 油莎豆(Cyperus esculentus);RNA-Seq;转录组;SNP

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2022 年 20 卷 002 期

页码： 363-370

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为获得油莎豆的基因数据和初步了解其基因功能,本研究基于RNA-Seq技术对油莎豆幼苗叶片和根的混合样品进行转录组测序和生物信息学相关分析.对测序数据进行序列组装共获得19 607条Unigene,总长度为21 274 744 bp.将获得 Unigene 分别与 COG、GO、KEGG、KOG、Pfam、Swissprot 和 Nr 数据库进行比对,共计12 896条Unigene被注释,占总数的65.77%.其中7 527条Unigene在GO数据库中比对获得注释,根据功能分为细胞组分、分子功能和生物进程3大类52个亚类;12 288条Unigene在Nr数据库中获得注释,注释的同源序列主要来自菠萝;通过KOG数据库比对,7 271条Unigene被注释到25个类别中,其中参与一般功能、翻译后修饰及信号传导的注释基因最多.在所有Unigene中共检索到154 456个SNP位点,以碱基转换类型为主.本研究为油莎豆功能基因挖掘和分子标记开发提供理论基础.

分类号： S565.9

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