全基因关联分析筛选文昌鸡体尺性状相关分子标记

文献类型： 中文期刊

第一作者： 骆娜

作者： 骆娜;安炳星;魏立民;文杰;赵桂苹

作者机构：

关键词： 全基因组关联分析;鸡;体尺性状;胫长;胫围

期刊名称： 中国农业科学

ISSN： 0578-1752

年卷期： 2024 年 010 期

页码： 2046-2060

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】体尺是评价禽类生长特性的主要指标，通过筛选与文昌鸡体尺性状相关的分子标记及候选基因，为解析体尺性状的遗传机制及分子育种提供理论支撑。【方法】利用海南省文昌鸡品系3个世代（n=2 024）群体作为研究对象，测定每只鸡在上市日龄的胫长、胫围、体斜长、龙骨长及胸宽等5个体尺性状。采集血液进行鸡“京芯一号”55 K芯片测序及基因分型，使用GEMMA软件与PLINK软件进行全基因组关联分析，鉴定与体尺性状相关的SNP位点和候选基因，通过LD分析鉴定与体尺性状显著相关的单倍型。【结果】表型结果显示，113日龄文昌鸡公鸡平均胫长8.64 cm，胫围0.46 cm，体斜长19.73 cm，龙骨长12.32 cm，胸宽6.81 cm；母鸡平均胫长6.98 cm，胫围0.40 cm，体斜长17.79 cm，龙骨长10.45 cm，胸宽6.24 cm。经过质控后，共保留42 206个SNPs和2 024个个体用于后续研究。使用Plink软件进行PCA主成分分析，结果发现3个世代群体存在一定的分散情况，因此在GWAS关联分析中加入了前3个主成分作为协变量，以校正群体结构对关联分析的影响。GWAS结果研究共鉴定出19个SNPs位点与胫长性状显著或建议性显著相关（P值分别为2.17789E-06和4.35578E-05）,23个SNPs位点与胫围性状显著或建议性显著相关，7个SNPs位点与体斜长性状显著或建议性显著相关，2个SNPs位点与龙骨长性状显著或建议性显著相关，未鉴定出与胸宽性状或建议性显著相关的SNPs位点。通过对显著性位点进行注释，结果共鉴定到16个体尺性状相关的候选基因，包括羧基末端LIM结构域结合蛋白2（LIM domain binding 2,LDB2）、染色体缩合蛋白G（non-SMC condensin I complex subunit G,NCAPG）、序列相似家族184成员B基因（family with sequence similarity 184 member B,FAM184B）、A型钾离子通道调节蛋白4（potassium voltage-gated channel interacting protein 4,KCNIP4）等。通过LD单倍型分析结果显示，GGA4存在3个显著关联的单倍型，对于胫长性状，rs316943436和rs313978573两个位点位于单倍型区块中；对于胫围性状，rs313196946AA、rs316242963、rs315796839、rs313978573、rs734365522共5个位点位于单倍型区块中；对于体斜长性状，只有1个位点（rs313978573）位于单倍型区块中，其中候选基因LDB2和NCAPG在显著的block区块中被注释到。【结论】经GWAS方法筛选出SEPSECS、LGI2、DHX15、KCNIP4、NCAPG、FAM184B、LDB2、CC2D2A作为胫长性状潜在的候选基因；FH、TBC1D1、DTHD1、SEPSECS、LGI2、SOD3、PPARGC1A、KCNIP4、NCAPG、FAM184B、CLRN2、LDB2、TAPT1、CC2D2A作为胫围性状潜在的候选基因，KCNIP4、LDB2、TAPT1、NRXN3作为体斜长性状潜在的候选基因，FAM184B作为龙骨长性状潜在的候选基因。总之，本文确定了LDB2、NCAPG和FAM184B等作为胫长、胫围、体斜长和龙骨长等体尺性状的潜在功能基因。为文昌鸡体尺性能的分子标记辅助选择育种提供理论支撑。

分类号： S831.2

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