基于COⅠ-D-loop-ITS1序列的4个稻田养殖鲤群体遗传多样性研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘志刚

作者： 刘志刚;卢迈新;曹建萌;衣萌萌;王淼;高风英;可小丽;王广军

作者机构：

关键词： 鲤;稻渔共作;遗传多样性;线粒体DNA;核DNA

期刊名称： 农业生物技术学报

ISSN：

年卷期： 2021 年 007 期

页码： 1322-1331

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 鱼类遗传多样性与其环境适应能力和遗传进化潜能密切相关。为了了解我国华南地区稻田养殖鲤不同地理群体的遗传背景,通过PCR扩增细胞色素氧化酶Ⅰ（cytochrome oxidase subunitⅠ, COⅠ）-线粒体控制区（displacement loop region, D-loop）-内转录间隔区（internal transcribed spacer 1, ITS1）串联序列和序列比对,分析了4个鲤（Cyprinus carpio）群体（广东连南（LN）,广东乳源（RY）,广西金边鲤（JB）,广西三江（SJ））的遗传多样性和遗传结构。结果表明:COⅠ-D-loop-ITS1串联序列长度为1 842 bp,共检测到71个变异位点（包括28个单变异位点和43个简约信息位点）和33种单倍型,JB和RY群体的单倍型较多（各为11种）,各群体间无共享单倍型。LN群体的单倍型多样性（haplotype diversity, Hd）最高（0.824）,JB群体的核苷酸多样性（nucleotide diversity, Pi）最大（0.002 78）,SJ群体的单倍型多样性和核苷酸多样性均为最低（Hd=0.662; Pi=0.000 56）。遗传差异分析结果表明,SJ与JB群体之间的遗传距离最小（0.004 6）,LN与RY群体之间的遗传距离最大（0.008 7）,各群体间遗传分化显著（FST （F-statistics）>0.25, P<0.01）。分子方差分析（analysis of molecular variance, AMOVA）结果表明,群体间变异占总变异的70.65%。个体系统进化树表明COⅠ-D-loop-ITS1序列能够将4个鲤鱼群体的个体完全区分开,优于单个基因的聚类效果。种群系统进化树中SJ与JB群体先聚为一小支,再与RY群体聚为一大支,而LN群体独立聚为一支。综上所述,4个稻田养殖鲤群体单倍型多样性较高,核苷酸多样性较低,群体间分化显著,应作为4个进化显著单元分别进行种质资源保护与利用。本研究揭示了我国华南地区4个稻田养殖鲤鱼群体的遗传结构和亲缘关系,丰富了稻田鲤鱼种群种质资源的基础资料,可为其种质保存、开发与利用奠定理论基础。

分类号： S917.4%S511

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