郏县红牛POLB基因克隆及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李玉龙

作者： 李玉龙;吕世杰;翟亚莹;张志杰;朱肖亭;张子敬;陈付英;施巧婷;王二耀

作者机构：

关键词： 郏县红牛;POLB基因;克隆;生物信息学分析

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN： 1671-7236

年卷期： 2022 年 003 期

页码： 887-896

收录情况： 北大核心

摘要： 【目的】克隆郏县红牛DNA聚合酶β（DNA polymerase beta,POLB）基因，并对其进行生物信息学分析。【方法】以郏县红牛肌肉组织cDNA为模板，通过PCR方法克隆POLB基因完整CDS区序列；利用在线软件进行遗传距离分析并构建系统进化树，分析POLB蛋白的理化性质、疏水性、磷酸化位点、跨膜结构、信号肽、二级结构、三级结构和互作蛋白。【结果】郏县红牛POLB基因CDS区序列全长1 008bp，编码335个氨基酸。系统进化树分析表明，郏县红牛POLB基因氨基酸序列与绵羊等反刍动物的亲缘关系最近，与其他哺乳类动物和禽类次之，与斑马鱼（鱼类）最远。郏县红牛POLB蛋白分子质量为38.26ku，理论等电点（pI）为9.10，半衰期为30h，不稳定系数为31.06，总平均亲水系数为-0.659，属于稳定的亲水性蛋白；磷酸化位点预测分析发现，郏县红牛POLB蛋白包含17个丝氨酸磷酸化位点、12个苏氨酸磷酸化位点和4个酪氨酸磷酸化位点；跨膜区和信号肽预测结果显示，郏县红牛POLB蛋白不属于跨膜蛋白和分泌型蛋白；二级结构和三级结构预测发现，其主要包含α-螺旋、β-转角、延伸链和无规则卷曲4种结构；在线软件预测结果表明，POLB蛋白与XRCC1、FEN1、PARP1和LIG3等为互作蛋白。【结论】本研究成功克隆了郏县红牛POLB基因CDS序列，其与绵羊亲缘关系最近；POLB蛋白为无跨膜结构、无信号肽的亲水性蛋白，与XRCC1蛋白互作程度最高，结果可为进一步探究POLB基因生物学功能提供参考。

分类号： S823.2

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