适于二碱基重复类型SSR引物指纹分析的连续多峰算法

文献类型: 中文期刊

第一作者: 王凤格

作者: 王凤格;李欣;易红梅;江彬;任洁;王璐;霍永学;王蕊;葛建镕;杨杨;赵久然

作者机构:

关键词: SSR;二碱基重复;连续多峰;指纹分析;算法开发

期刊名称: 农业生物技术学报

ISSN: 1674-7968

年卷期: 2018 年 06 期

页码: 1004-1013

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: 二碱基重复类型的SSR引物容易出现连续多峰的峰型,对指纹的正确采集造成影响。为提高此类引物指纹分析的准确性和自动化水平,本研究进行了连续多峰指纹采集算法的开发,并测试连续多峰算法与邻峰过滤、N+1峰识别、高低峰过滤和二倍体过滤等其他峰处理算法的相互作用。结果表明,连续多峰算法提高了对二碱基重复类型SSR引物的指纹读取准确性和分析效率,峰的识别和定位更加准确,峰高估值更加真实反映引物扩增情况,连续多峰峰错误识别率由50%以上降低到1%以内,识别精度由2~4 bp提高到1 bp以内,整体分析时间缩短了30%以上;通过调整参数等方式,保证了连续多峰算法与其他峰处理算法的相互协调。连续多峰算法解决了连续多峰的识别、定位及峰高估计的问题,改善了二碱基重复类型的SSR引物的指纹采集效果,消除了基因组上多态性最高、应用最广泛的二碱基重复类型SSR引物的应用限制,为SSR引物在实践中更好的应用提供了重要技术支撑。

分类号: Q78

  • 相关文献

[1]家蚕二代性与多化性品种的RAPD指纹分析(简报). 唐红生,桂仲争. 1998

[2]对玉米DNA指纹分析中有关问题的探讨. 张世煌,郑用琏,谢传晓,李新海,郝转芳,张祖新,王振华,潘光堂,陈彦惠,李明顺. 2007

[3]AFLP分子标记在作物育种中的应用. 蔡健,王永杰,杨剑波. 2002

[4]小麦-簇毛麦新种质山农05078的鉴定(简报). 刘海燕,何方,王金平,西廷业,王洪刚,李兴锋. 2008

[5]云南甘蔗自育品种DNA指纹身份证构建. 刘新龙,马丽,陈学宽,应雄美,蔡青,刘家勇,吴才文. 2010

[6]35份皮燕麦种质遗传多样性的SSR和SRAP分析. 白晓雷,刘艳春,生国利,杨学文,王欣欣,唐超,路耿新. 2015

[7]水稻苯达松敏感致死基因bel的初步定位. 朱磊,朱友林,余潮,张集文. 2005

[8]小麦粘类CMS育性恢复基因的SSR分子标记与定位. 郭艳萍,张改生,程海刚,朱展望,张龙雨,牛娜,马守才,李红霞. 2009

[9]三疣梭子蟹微卫星多重PCR技术建立及条件的优化. 任宪云,刘萍,李健,李晓萍,韩智科,刘磊. 2011

[10]三疣梭子蟹遗传连锁图谱的初步构建. 罗云,高保全,刘萍,李健,戴芳钰. 2010

[11]抗白粉病八倍体小偃麦和双体异附加系的鉴定. 林小虎,王黎明,李兴锋,陆文辉,赵逢涛,李文才,高居荣,王洪刚. 2005

[12]基于SSR标记的梨资源遗传多样性分析. 张妤艳,吴俊,张绍铃. 2008

[13]甘蔗SSR和AFLP分子遗传连锁图谱构建. 刘新龙,毛钧,陆鑫,马丽,Karen Sarah AITKEN,Phillip Andrew JACKSON,蔡青,范源洪. 2010

[14]小偃麦异代换系山农0095辐照花粉后代的细胞学及SSR标记分析. 鲍印广,李兴锋,宗浩,赵春华,崔法,王玉海,王洪刚. 2009

[15]大叶藻EST-SSR标记开发及其在大叶藻群体遗传多样性研究中的应用. 刘福利,刘坤,王飞久,孙修涛,汪文俊,梁洲瑞,马兴宇. 2013

[16]玉米SSR分子标记技术操作规程的优化. 王伟,杨文鹏,关琦,张文龙,戴保威. 2008

[17]SSR标记遗传距离与辣椒杂种优势的关系. 何建文,姜虹,杨红,苏丹,刘永翔. 2013

[18]贵州12个辣椒杂交种SSR标记指纹图谱的构建与分析. 何建文,杨文鹏,姜虹,杨红,万文鹏,胡明文. 2010

[19]贵州4个延退玉米杂交种的真实性和一致性DNA指纹鉴定. 王春梅,任洪,沈建华. 2011

[20]AFLP与SSR标记及其在油菜研究中的应用. 李丽,黄先群,Chokchai Wannup,黄团. 2009

作者其他论文 更多>>