文献类型： 中文期刊

作者： 吴朝昕 ¹ ; 刘雪薇 ¹ ; 李祖军 ¹ ; 龙武华 ¹ ; 宫彦龙 ¹ ; 朱速松 ¹ ;

作者机构： 1.贵州省水稻研究所

关键词： 水稻;大粒香;叶绿体基因;SSR;系统发育分析

期刊名称： 广西植物

ISSN： 1000-3142

年卷期： 2022 年 011 期

页码： 1830-1839

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 大粒香作为贵州重要的优质稻资源，推广种植面积大，并且在乡村振兴过程中为社会带来了较高的经济效益。然而，目前对大粒香基因组学的理论研究报道较少。为揭示大粒香水稻叶绿体基因组（cpDNA）特征及系统发育关系，该研究对大粒香叶绿体进行测序，并分析其基因组特征。结果表明：（1）大粒香水稻cpDNA全长134 563 bp,包括1个大单拷贝区（LSC,80 864 bp）、1个小单拷贝区（SSC,12 347 bp）和2个反向重复序列区（IR_s,20 676 bp）。（2）注释到129个基因，可分为蛋白编码、tRNA和rRNA三类基因，数量分别为85个、36个和8个。（3）密码子偏好分析显示，大粒香cpDNA密码子偏好A碱基或U（T）碱基，亮氨酸密码子使用了1 944次，使用次数最多；半胱氨酸的密码子仅使用198次，使用次数最少。（4）检测到129个SSR,其中有95个单核苷酸重复且大部分SSR序列由A/T碱基组成。（5）系统发育分析结果显示，大粒香与热带粳稻亲缘关系最近，聚为一类。该研究结果揭示了大粒香叶绿体基因组信息，并确定了大粒香系统发育所属分支。