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3种炭疽菌P型ATP酶基因家族分析

文献类型： 中文期刊

作者： 孙董董 1 ; 林春花 1 ; 李博勋 1 ; 黄贵修 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院环境与植物保护研究所

关键词： 炭疽菌;P型ATP酶基因;生物信息;功能预测

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2015 年 36 卷 04 期

页码： 737-745

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： P型ATP酶是一类可以被ATP驱动其发生磷酸化的阳离子泵。利用TCDB(Transporter Classification Database)网站数据库中的P型ATP酶氨基酸序列对3种炭疽菌(禾谷炭疽、希金斯炭疽、胶孢炭疽)全基因组数据库进行搜索,结合结构域分析和进化树聚类分析,共找出候选P型ATP酶基因禾谷炭疽菌26个,希金斯炭疽菌37个,胶孢炭疽菌29个。对这些候选基因进行基因功能预测发现其主要参与转运Na+/K+、Ca2+、重金属离子以及磷脂的功能。利用MEME程序分析,从3种炭疽菌中均鉴定获得20个基序,其中有6个基序相同。这为深入研究炭疽菌P型ATP酶家族基因生物学功能奠定了基础。

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