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基于RNA-seq技术的茶树CsbHLH62生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 曹丹 1 ; 金孝芳 1 ; 马林龙 1 ; 刘艳丽 1 ; 郭桂义 1 ;

作者机构： 1.湖北省农业科学院果树茶叶研究所;信阳农林学院/河南省豫南茶树资源综合开发重点实验室

关键词： 茶树;转录组测序;转录因子;生物信息学

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2019 年 01 期

页码： 36-41

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】利用生物信息学分析方法推导CsbHLH62基因及其编码产物的理化性质、结构和功能以及同源性等。【方法】通过相关软件及网站分析CsbHLH62基因及其编码蛋白的相关信息。【结果】CsbHLH62基因编码蛋白含有277个氨基酸,是一种可溶性蛋白,定位于细胞核,该蛋白不存在信号肽,无跨膜结构,有35个潜在的磷酸化位点,是一种非分泌蛋白;功能结构分析表明131～181位氨基酸之间有一个典型的MYC的bHLH结构域,系统进化分析表明其编码的氨基酸序列与欧洲越橘亲缘关系较近,二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主,三维结构构建成功。【结论】为研究CsbHLH62基因在茶树硒富集过程中的生物学功能奠定了基础。

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