文献类型： 中文期刊

作者： 贾新平 ¹ ; 叶晓青 ¹ ; 梁丽建 ¹ ; 邓衍明 ¹ ; 孙晓波 ¹ ; 佘建明 ¹ ;

作者机构： 1.江苏省农业科学院农业生物技术研究所江苏省农业生物学重点实验室

关键词： 海滨雀稗;转录组;高通量测序;基因注释;SSR

期刊名称： 草业学报

ISSN： 1004-5759

年卷期： 2014 年 23 卷 06 期

页码： 242-252

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 采用新一代高通量测序技术Illumina HiSeq 2000对海滨雀稗叶片转录组进行测序,结合生物信息学方法开展基因表达谱研究和功能基因预测。通过测序,获得了47520544个序列读取片段(reads),包含了4752054400个碱基序列(bp)信息。对reads进行序列组装,获得81220个单基因簇(unigene),平均长度1077bp,序列信息达到了87542503bp。另外从长度分布、GC含量、表达水平等方面对unigene进行评估,数据显示测序质量好,可信度高。数据库中的序列同源性比较表明,46169个unigene与其他生物的已知基因具有不同程度的同源性。海滨雀稗转录组中的unigene根据GO功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程三大类48个分支,其中有大量unigene与代谢进程、结合活性和细胞进程相关。将unigene与COG数据库进行比对,根据其功能大致可分为25类。KEGG数据库作为参考,依据代谢途径可将unigene定位到112个代谢途径分支,包括苯丙氨酸代谢通路、植物与病原物互作、植物激素生物合成和信号转导、黄酮类化合物合成、萜类骨架生物合成、脂类代谢、RNA降解等。SSR位点查找发现,从81220个unigene中共找到22721个SSR位点。SSR不同重复基序类型中,出现频率最高的为A/T,其次是CCG/CGG和AGC/CTG。本研究首次对海滨雀稗转录组进行了分析,为草坪草的分子生物学研究提供了宝贵的基因组数据来源。