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杜仲Dirigent蛋白编码基因的克隆及序列分析

文献类型： 中文期刊

作者： 王维东 1 ; 赵德刚 1 ; 赵懿琛 1 ;

作者机构： 1.贵州大学农业生物工程研究院/生命科学学院山地植物资源保护与种质创新省部共建教育部重点实验室;贵州省农业科学院;贵州大学药学院

关键词： 杜仲;基因克隆;序列分析

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2018 年 03 期

页码： 1293-1301

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 分别以杜仲基因组DNA和cDNA为模板克隆DIRs基因,并分析其序列及其蛋白的遗传特性。以杜仲为研究对象,利用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术获得杜仲DIRs序列,并结合生物信息学方法对杜仲DIRs的序列进行深入分析。从杜仲中克隆DIRs基因序列,利用生物信息手段分析DIRs基因与其它物种的同源性、结构域、功能域、蛋白质理化特性、蛋白质序列跨膜区、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点以及编码蛋白二级结构等进行分析。克隆的杜仲DIRs片段序列有468bp,不含内含子,编码155个氨基酸。推测的编码蛋白的氨基酸序列与芝麻、五味子同源性最高,分别达71%和70%,具有的5个保守基序,第1～148位之间是个高度保守的结构功能域—Dirigent,为亲水性蛋白,相对分子质量为17kD,理论等电点为4.91,不具有跨膜区;亚细胞定位在细胞质中,不属于分泌蛋白;序列预测具有13个磷酸化位点,未预测到糖基化位点,二级结构主要以无规则卷曲结构组成。以上研究为进一步探讨DIRs基因在木脂素生物合成途径中的功能提供了理论依据。

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