文献类型： 中文期刊

作者： 高瑞娟 ¹ ; 戴大鹏 ¹ ; 马荣才 ¹ ; 曹鸣庆 ¹ ; 晏月明 ² ; 王亚东 ³ ; 任世军 ³ ; 郭新宇 ⁴ ;

作者机构： 1.北京农业生物技术研究中心

2.首都师范大学生物系

3.哈尔滨工业大学计算机科学学院

4.北京农业信息技术研究中心

关键词： 表达序列标签;结球叶;结球白菜

期刊名称： 农业生物技术学报

ISSN： 1006-1304

年卷期： 2004 年 12 卷 01 期

页码： 24-29

收录情况： CSCD

摘要： 以结球白菜(BrassicarapaL.ssp.pekinensis)结球前期心叶为材料,构建了结球前期球叶cDNA文库,随机挑选克隆单向单次测序后,共得到1162条峰图良好和插入片段长度大于150bp的可用序列。BLASTX及BLASTN序列比对分析表明,94.8%(1102/1162)的表达序列标签(EST)可在蛋白质或核苷酸水平上找到同源类似物。同源性最大的蛋白质按物种来源分析后发现,大约77%的功能已知蛋白质来自拟南芥(Arabidopsisthaliana),另外还有60个EST与已发表的植物基因没有同源性,这一部分EST对于研究结球白菜独特的生理和形态发育途径以及开展基因组分子作图具有重要的意义。同源蛋白质按其功能进行分类表明,参与蛋白质合成过程的酶或蛋白质的EST数量最多,其次是参与能量代谢过程(包括光合作用)的EST序列。在核苷酸水平上,全部EST中只有51%的同源物来自拟南芥。对上述1162条EST进行片段重叠群分析(contiganalysis)共获得895个非冗余片段重叠群,其中723个仅由一个EST组成(即singletons),表明结球白菜结球过程中表达的基因种类繁多。大量EST的获得为进一步了解结球白菜结球机制及获取相关基因提供了重要的序列信息。