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基于转录组分析筛选凡纳滨对虾低温胁迫下的差异表达基因

文献类型： 中文期刊

作者： 董丽君 1 ; 孟宪红 1 ; 孔杰 1 ; 罗坤 1 ; 栾生 1 ; 史晓丽 1 ;

作者机构： 1.上海海洋大学水产与生命学院;青岛海洋科学与技术国家实验室,海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室;中国水产科学研究院黄海水产研究所,农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室

关键词： 凡纳滨对虾;转录组;低温胁迫;差异表达基因

期刊名称： 中国水产科学

ISSN： 1005-8737

年卷期： 2019 年 01 期

页码： 161-171

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 凡纳滨对虾(Litopenaeusvannamei)是中国主要的对虾养殖品种之一,对低温的耐受性较差,低于18℃就会停止摄食。为了探究凡纳滨对虾耐低温性状相关基因,选用凡纳滨对虾低温胁迫组(18℃)和常温组(24℃)肝胰腺组织为实验材料,进行Illumina HiSeq 2500测序,对测序原始数据进行拼接、注释,以及筛选分析低温胁迫下的差异表达基因。结果显示,测序共获得50921条基因(unigene),平均长度为828 bp, N50为1589 bp,其中28.13%为已知基因。基因差异表达分析共筛选得到243个低温胁迫相关基因,其中89个上调表达, 154个下调表达。功能富集分析发现,差异表达基因多富集在生物结合和催化过程、过氧化物酶、溶酶体、精氨酸和脯氨酸的代谢以及氨基酸的生物合成途径中。进一步根据Q-值共筛选出10个差异表达最显著的基因,其中ATP结合盒B亚家族6转运蛋白基因(ATP-binding cassette sub-family B member 6, ABCB6)、C型凝集素基因(C type lectin)、谷氨酰胺合成酶基因(glutamine synthetase, GS)在低温胁迫下均呈下调表达,推测可能参与了凡纳滨对虾低温应答反应。利用Real time RT-PCR验证转录组数据,结果证明基于转录组测序筛选低温胁迫下的差异表达基因是可行的。本研究为揭示凡纳滨对虾耐低温分子调控机制提供了基础数据和理论依据。

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