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太岁DNA提取方法差异及对测知细菌结构的影响

文献类型： 中文期刊

作者： 王朝江 1 ; 王世清 1 ; 高春燕 1 ; 李慧 1 ; 李聪 1 ;

作者机构： 1.河北省农林科学院经济作物研究所

关键词： 太岁;DNA提取方法;细菌结构;高通量测序

期刊名称： 扬州大学学报(农业与生命科学版)

ISSN： 1671-4652

年卷期： 2021 年 005 期

页码： 123-129

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 以太岁取样的加水热溶解为特点设计4种提取方法,将提取效果好的2个DNA样品用Illumina MiSeq高通量测序平台测序。结果表明:滤膜法（SI3）和研磨法均可获得显示电泳条带的DNA,但前者能将太岁材料彻底破碎和滤除多糖;滤膜法样品测得优质序列46 676条,聚类OTU 1 095个,比研磨法多154个,只包含1个序列相对丰度大于1%的共有OTU,特有1个序列相对丰度41.14%的OTU,是研磨法的237倍,但滤膜法样品香农指数反比研磨法低1.37%,并导致两者菌群结构在各分类水平上有着明显差别。太岁DNA提取方法深刻影响细菌结构测定结果,滤膜法DNA菌群信息更真实,据其测知的优势结构为假单胞菌属（Pseudomonas）和不动杆菌属（Acinetobacter）。

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