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小麦全基因组中YABBY基因家族的筛选与特征分析

文献类型： 中文期刊

作者： 葛川 1 ; 杨荣 2 ; 李刘军 2 ; 张建诚 2 ; 郑兴卫 2 ;

作者机构： 1.山西省科学技术情报研究所

2.山西省农业科学院小麦研究所

关键词： YABBY基因家族;小麦;生物信息;进化分析;基因功能

期刊名称： 中国农业科技导报

ISSN： 1008-0864

年卷期： 2019 年 08 期

页码： 11-18

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： YABBY家族是植物特有的转录因子,在植物侧生器官极性建立和发育过程中起重要的调控作用。从全基因组水平鉴定小麦YABBY家族并进行生物信息学和表达模式分析,为研究小麦YABBY家族基因的功能奠定基础。根据已经报道的拟南芥和水稻YABBY基因,在小麦基因组数据库中执行本地BLAST程序鉴定小麦基因组中的YABBY基因,采用MEGA、GSDS、MEME和PlantCARE等软件进行生物信息学分析,并利用已公开的RNA-seq数据绘制不同发育时期和不同组织的表达谱。结果表明,在小麦基因组范围内鉴定得到18个YABBY基因家族成员,分成5个亚家族。Motif分析表明小麦YABBY蛋白均具有C2C2锌指结构域及YABBY结构域; Ta YABBY启动子区检测到与植物生长发育、激素诱导和逆境胁迫有关的顺式作用元件。RNA-Seq表达谱发现小麦YABBY基因具有明显的组织表达特异性。

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