文献类型： 中文期刊
作者： 郑乾明 1 ; 王小柯 1 ; 马玉华 1 ;
作者机构： 1.贵州省农业科学院果树科学研究所
关键词： 成熟茎;基因全长序列;序列注释;蔗糖代谢;基因分离
期刊名称： 西南农业学报
ISSN： 1001-4829
年卷期： 2022 年 35 卷 003 期
页码： 581-587
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： [目的]分离红肉火龙果成熟茎中表达的基因全长序列,为研究参与蔗糖合成和降解等重要代谢途径的候选基因生理功能提供基础.[方法]提取红肉火龙果成熟茎总RNA,采用基于Pacbio Sequel平台的转录组测序进行全长转录组分析.对获得的序列进行功能注释和分类,并与此前基于Illumina平台的转录组测序结果进行比较分析.[结果]全长转录组测序共获得30 313条高质量转录本,平均长度为1829 bp.预测获得编码序列(Coding sequence,CDS)数量为40 255个,长度为297~5202 bp,平均长度为1179 bp;共计13 939条转录本在公共数据库被注释,占所有转录本数量的45.98%;在NR数据库中注释的转录本数量占比为45.49%,注释转录本数量较多的物种为甜菜和菠菜,占比分别为50.95%和24.90%.与此前基于Illumina平台的转录组测序联合分析,获得若干在成熟茎中表达的蔗糖代谢相关基因的全长序列.[结论]基于全长转录组测序获得的转录本长度显著长于Il-lumina平台的转录组测序,有利于后续分离和研究红肉火龙果成熟茎中重要代谢途径的功能基因全长.
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