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谷子HSP70基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 张古文 1 ; 刘莉莉 1 ; 王显瑞 1 ; 柴晓娇 1 ; 李书田 1 ;

作者机构： 1.赤峰市农牧科学研究院谷子研究所

关键词： 谷子;热激蛋白;生物信息学;遗传多样性

期刊名称： 浙江农业学报

ISSN： 1004-1524

年卷期： 2015 年 27 卷 07 期

页码： 1127-1133

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 热激蛋白70(Heat shock protein 70,HSP70)是一类结构保守的分子伴侣类型应激蛋白,在调控动植物新陈代谢和信号传导方面发挥重要作用。本研究以谷子基因组数据库为基础,利用生物信息学方法鉴定了谷子HSP70基因家族成员,并对其序列的保守性、保守基序分布、内含子-外显子结构、在染色体上的分布以及系统发育关系进行了分析。结果表明,谷子HSP70家族是一个至少包含25个成员的多基因家族,基因编码区介于295~851个氨基酸之间;家族成员共有10类保守基序,长度分布于17~50个氨基酸之间;结构分析表明,各成员的内含子数目位于0~8之间,约一半的成员含有3’和5’非编码区;各成员不均匀地分布于第1,2,3,4,5,6,7和9号染色体上;系统发育关系揭示其成员之间具有较高的遗传多样性。该研究不仅有助于为了解该基因家族的进化起源提供参考,而且可为进一步分析该家族成员的功能奠定基础。

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