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梨CDPK基因家族全基因组序列鉴定分析

文献类型： 中文期刊

作者： 许园园 1 ; 李晓刚 1 ; 李慧 1 ; 蔺经 1 ; 常有宏 1 ;

作者机构： 1.江苏省农业科学院园艺研究所江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室

关键词： 梨;CDPK家族基因;全基因组鉴定;系统进化

期刊名称： 江苏农业学报

ISSN： 1000-4440

年卷期： 2015 年 03 期

页码： 659-666

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： CDPK是植物特有的一类丝氨酸/苏氨酸型蛋白激酶,在介导植物生育信号和逆境信号转导中具有重要作用。为揭示CDPK基因在梨生长发育与抗逆防御机制中的作用,本研究通过生物信息学手段,结合梨基因组注释信息,鉴定梨基因组中CDPK家族基因成员,利用MEGA6.0程序进行多序列比对、分类并构建系统进化树;利用per1程序以及GSDS工具进行基因结构与保守性分析,为植物CDPK基因功能分析与利用提供依据。结果表明,本研究成功鉴定出26个CDPK家族成员,根据系统发育树分析,所有Pb CDPK被分为4类;基因结构预测结果表明,大多数Pb CDPK均含有6~7个内含子;且预测的Pb CDPK氨基酸序列绝大多数含4个EF-hand功能域;为了深入分析梨与其他物种的同源进化关系,构建了梨与拟南芥、水稻的CDPK基因系统进化树,进化树聚类分析结果将所有的CDPK蛋白分为四类。综上所述,目前已初步获得26个梨CDPK基因,为在基因组范围内研究CDPK基因在梨生长发育与逆境响应中的功能奠定了基础。

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