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不同白粉病抗性的甜瓜转录组SNP/InDel位点的挖掘及其功能注释

文献类型： 中文期刊

作者： 曹燕燕 1 ; 刁倩楠 1 ; 姚东伟 1 ; 陆世钧 1 ; 张永平 1 ;

作者机构： 1.上海市农业科学院设施园艺研究所

关键词： 甜瓜;白粉病;转录组;SNP/InDel;功能注释

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2025 年 23 卷 014 期

页码： 4599-4611

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为分析不同白粉病抗性的甜瓜的SNP/InDel信息,本研究以甜瓜白粉病抗病亲本wm-6和易感亲本12D-1为试验材料,利用转录组测序技术对其SNP/InDel位点进行鉴定,并进一步利用GO、KOG和KEGG数据库对SNP/InDel位点所在基因进行功能注释分析.转录组数据共鉴定到32 980个SNP和2 431个InDel位点,在所有变异类型中,以C/T和A/G发生频率最高;分别有2 956、4 073和2 997条SNP/InDel-uni-genes序列的功能在GO、KOG和KEGG数据库得到注释,注释到"代谢途径"的SNP/InDel-unigenes最多,其次依次为"次级代谢产物的生物合成"、"核糖体"、"氨基酸的生物合成"和"碳代谢";KEGG注释分析显示共246条SNP/InDel-unigenes注释到"植物激素信号转导"通路、"植物-病原菌互作"通路、"植物MAPK信号"通路以及"苯丙烷类生物合成"通路.本研究为发掘甜瓜白粉病抗病相关SNP/InDel位点及抗病相关基因提供了新的数据来源.

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