文献类型： 中文期刊
作者： 张金勇 1 ; 何暮春 2 ; 项子龙 1 ; 柳淑芳 1 ; 庄志猛 1 ;
作者机构： 1.中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室
2.中国海洋大学海洋生命学院
关键词： 金乌贼;转录组;SSR;重复基元;位点信息
期刊名称： 渔业科学进展
ISSN： 1000-7075
年卷期： 2020 年 006 期
页码： 149-155
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 以金乌贼(Sepia esculenta)转录组测序获得的177,951条Unigene为对象,采用Micro Satellite(MISA)软件检测及分析其中的简单重复序列(Simple sequence repeat, SSR)的位点信息.结果显示,在金乌贼转录组中共检测出161,327个SSR位点,分布在64,933条Unigene中,SSR位点发生频率为36.49%,出现频率为90.66%.其中,最主要的重复类型为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占SSR总数的46.00%、39.93%和9.48%.SSR包含的重复基元中,A/T是单核苷酸的优势重复基元,AT/AT和AC/GT是二核苷酸的优势重复基元类型.66,004个重复基元长度≥20 bp,占SSR总数的40.91%,且其中含有低级重复基元(二、三核苷酸重复)的SSR位点数量占优.以上结果表明,金乌贼转录组中SSR位点出现频率较高且类型丰富、多态性潜能较高,研究结果可为更好地开发金乌贼SSR分子标记、种质资源保护利用、遗传多样性评价和分子标记辅助育种等提供参考.
- 相关文献
[1]基于RNA-seq技术的江鳕转录组SSR位点信息分析. 孟玮,蒋艳琳,张林,杨天燕,周剑光. 2019
[2]基于转录组测序的中华鳖SSR和SNP特征分析及性别标记筛选. 雷骆,祝骏贤,陈辰,王亚坤,刘晓莉,洪孝友,于凌云,魏成清,李伟,朱新平. 2023
[3]翘嘴鳜转录组测序及SSR新标记的开发与应用. 孙海林,孙成飞,董浚键,田园园,胡婕,叶星. 2019
[4]牙鲆EST资源的SSR信息分析. 陈松波,龚丽,刘海金. 2010
[5]金乌贼胚胎发育的研究. 陈四清,刘长琳,庄志猛,贾文平,孙建明,于广成,刘克奉,王晓华. 2010
[6]金乌贼精子的超微结构. 刘长琳,邹健,刘君刚,庄志猛,陈四清,刘春胜,孙建明,王晓华. 2011
[7]金乌贼新型产卵附着基的实验研究. 牛超,杨超杰,黄玉喜,张秀梅. 2017
[8]不同底质和温度对金乌贼仔乌饥饿耐受能力的影响. 王林龙,王展,张雪梅,张秀梅. 2018
[9]金乌贼纳精囊组织结构及其精子的储存和利用. 王展,王林龙,李文涛,张秀梅. 2020
[10]金乌贼精子释放及精子活力的研究. 张东雪,张秀梅,李文涛,李江涛. 2019
[11]青岛近岸金乌贼繁殖群体形态特征及遗传分化. 王林龙,张秀梅,王展,宋娜,高天翔. 2019
[12]金乌贼亲体驯养与繁殖特性研究. 刘长琳,庄志猛,陈四清,邓永生. 2009
[13]基于线粒体COI基因序列的金乌贼群体遗传学研究. 单斌斌,宋娜,刘淑德,涂忠,王晓梅,高天翔,韩志强,张秀梅. 2017
[14]金乌贼(Sepia esculenta)早期发育阶段内壳形态学指标的主成分分析. 李达,刘长琳,李昂,杜腾飞,柳淑芳,庄志猛. 2017
[15]低盐胁迫对金乌贼存活、免疫酶活性和基因表达的影响. 王兴强,沈晔,崔春辉,曹梅,王力,丁雪峰,刘豪杰,秦传新,陈百尧. 2020
[16]三种乌贼内骨骼生化成分研究. 田蕊,朱文静,边力,徐郑鑫,李凤辉,陈四清,陈成勋. 2021
[17]金乌贼生长期DNA甲基化水平和模式. 何暮春,张金勇,刘长琳,项子龙,柳淑芳,庄志猛,薛同明. 2018
[18]金乌贼繁殖行为与交配策略. 王亮,张秀梅,丁鹏伟,刘甜雨,陈四清. 2017
[19]金乌贼成体副缠卵腺的超显微结构. 刘长琳,赵法箴,边力,葛建龙,谭杰,陈四清. 2018
[20]金乌贼胚胎发育阶段主要生化成分的变化. 刘长琳,赵法箴,陈四清,秦搏,阮飞腾,葛建龙. 2016
作者其他论文 更多>>
-
金乌贼全人工繁育与增养殖技术创新应用
作者：刘长琳;边力;薛月光;柳淑芳;陈四清;薛同明
关键词：
-
海洋生态系统健康评估:机遇、困难与挑战
作者：孙晓霞;冷疏影;张亮;庄志猛;沙忠利;魏皓;孙松
关键词：海洋生态系统;海洋观测;健康评估;健康指标
-
几种海洋硬骨鱼类快、慢肌的化学组分差异分析
作者：王焕;柳淑芳
关键词：海洋硬骨鱼类;快肌;慢肌;化学成分特征
-
杂交石斑鱼亲本种源鉴定方法的建立与应用
作者：程梦薇;王焕;丁少雄;柳淑芳;庄志猛
关键词：杂交石斑鱼;亲本种源鉴定;分子标记;COⅠ;RYR3
-
胶州湾滩涂生计渔业渔获物"蚝艮"的分类鉴定及其分布记录
作者：李昂;安长廷;李玉强;刘乐彬;柳淑芳;庄志猛
关键词：“蚝艮”;胶州湾;生计渔业;DNA条形码;物种鉴定;长体刺虾虎鱼
-
鱼类表型组学的发展、现状与挑战
作者：车帅;李昂;王焕;安长廷;柳淑芳;庄志猛
关键词：鱼类;表型组学;传感器;高通量表型获取;联合分析
-
三种马鲛鱼快速检测方法的建立及应用
作者：杨健琪;李昂;柳淑芳
关键词：聚合酶链式反应(PCR);马鲛鱼;快速检测;物种鉴定
