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基于全长转录组测序的金乌贼微卫星位点筛选与特征分析

文献类型： 中文期刊

作者： 张金勇 1 ; 何暮春 2 ; 项子龙 1 ; 柳淑芳 1 ; 庄志猛 1 ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室

2.中国海洋大学海洋生命学院

关键词： 金乌贼;转录组;SSR;重复基元;位点信息

期刊名称： 渔业科学进展

ISSN： 1000-7075

年卷期： 2020 年 006 期

页码： 149-155

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 以金乌贼(Sepia esculenta)转录组测序获得的177,951条Unigene为对象,采用Micro Satellite(MISA)软件检测及分析其中的简单重复序列(Simple sequence repeat, SSR)的位点信息.结果显示,在金乌贼转录组中共检测出161,327个SSR位点,分布在64,933条Unigene中,SSR位点发生频率为36.49%,出现频率为90.66%.其中,最主要的重复类型为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占SSR总数的46.00%、39.93%和9.48%.SSR包含的重复基元中,A/T是单核苷酸的优势重复基元,AT/AT和AC/GT是二核苷酸的优势重复基元类型.66,004个重复基元长度≥20 bp,占SSR总数的40.91%,且其中含有低级重复基元(二、三核苷酸重复)的SSR位点数量占优.以上结果表明,金乌贼转录组中SSR位点出现频率较高且类型丰富、多态性潜能较高,研究结果可为更好地开发金乌贼SSR分子标记、种质资源保护利用、遗传多样性评价和分子标记辅助育种等提供参考.

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