文献类型： 中文期刊
作者： 任春梅 1 ; 程兆榜 1 ; 杨柳 1 ; 缪倩 1 ; 周益军 1 ;
作者机构： 1.江苏省农业科学院植物保护研究所
关键词： 水稻条纹病毒;NS2和NS3基因;分子变异;寄主群;地理亚群
期刊名称： 西南农业学报
ISSN： 1001-4829
年卷期： 2016 年 29 卷 08 期
页码： 1854-1863
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 为揭示灰飞虱携带水稻条纹病毒(rice stripe cirus,RSV)的NS2和NS3基因分子变异特征,采用单雌产卵法从江苏、云南、山东、河北等地获得20个灰飞虱携带的RSV分离物,RT-PCR扩增出NS2和NS3基因特异片段,并对扩增产物进行克隆测序,再结合Genbank中已报道的其他分离物序列,利用生物信息学软件分析不同寄主、地区分高物的分子变异特点及系统发育关系。序列测定表明,20个分离物NS2和NS3 2个基因核苷酸序列同源性分别为96.5%~100%(NS2)和95.4%~100%(NS3),推导编码的蛋白氨基酸序列同源性为97.0%~100%(NS2)和96.2%~100%(NS3)。基于核苷酸序列构建的系统进化树分析表明2个基因均可以明显分为2组,其中一组均为中国云南水稻上的分高物,2组间遗传距离分别为0.05711(NS2)和0.06081(NS3),2基因的Z-test的检测结果表明都处于强烈的负选择压下。从2基因氨基酸构建的系统发育树和变异热点上分析,其氨基酸序列的分子变异首先与地缘相关,2基因均可以分成中国云南及云南以外的2个地理亚群;其次与寄主相关,可以划分为灰飞虱和水稻2个寄主群。
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