文献类型： 中文期刊
作者： 杨彩霞 1 ; 王崇明 2 ; 李赟 1 ; 梁颜韬 2 ; 王娜 1 ; 蔡玉勇 1 ;
作者机构： 1.中国海洋大学海水养殖教育部重点实验室
2.中国水产科学研究院黄海水产研究所
关键词： 细菌群落结构;16S rDNA;PCR-DGGE;流清河湾
期刊名称： 水产学报
ISSN： 1000-0615
年卷期： 2012 年 36 卷 03 期
页码： 90-97
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 细菌是海区生态环境的重要组成部分,为了解扇贝养殖海区细菌群落结构的季节性变化,连续11个月(2009年5月—2010年4月,2月除外)定期采集青岛流清河湾扇贝养殖海区水深0.5 m处水样,过滤收集粒径0.22～3.00μm的微生物,采用CTAB法提取样品总DNA,PCR扩增细菌16S rDNA V3-V5可变区序列,并通过DGGE技术对所得序列进行分离,结果共得到36条不同位置的条带,1月份水样细菌群落条带数最为丰富,3月份水样的细菌群落条带数最少。基于各月份DGGE条带数目和相对光密度,对11个月份样品的细菌群落多样性进行UPGMA聚类分析,结果表明,3、4和5月份细菌群落多样性具有较高的相似性,优先聚为一支,其余月份中,7月和8月,9月和12月,10月和11月分别优先聚为一支,而1月份和6月份均单独分为一支。剪切DGGE图谱中的20条主要谱带重扩增、测序,并进行BLAST比对。结果表明,20条序列与已知序列的相似性均在94%以上,这20条序列所代表的细菌分属于α-变形菌亚门(α-Proteobacteria)、β-变形菌亚门(β-Proteobacteria)、γ-变形菌亚门(γ-Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)。
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