文献类型： 中文期刊

作者： 方萍萍 ¹ ; 张婷 ¹ ; 韦静 ¹ ; 王雪艳 ¹ ; 李朝森 ¹ ; 刘慧琴 ¹ ; 万红建 ² ; 郭勤卫 ¹ ;

作者机构： 1.衢州市农业林业科学研究院

2.浙江省农业科学院

关键词： 白辣椒;Hyper-seq;SNP变异;遗传多样性;群体结构

期刊名称： 浙江农业科学

ISSN： 0528-9017

年卷期： 2024 年 005 期

页码： 1056-1063

摘要： 白辣椒是浙江省最具区域特色的辣椒类型，了解其遗传多样性是推动白辣椒新品种选育的重要依据。该研究利用Hyper-seq简化基因组测序对国内外收集的64份白辣椒高代自交系进行简化基因组测序，并进行主成分分析、聚类分析及群体结构分析。研究结果发现，在辣椒12条染色体上，共获得3 511 122个单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）位点和922 513个插入缺失标记（insertion-deletion, InDel）,平均每条染色体的SNP和InDel变异数量分别为292 593.5和76 876.0。注释结果表明，SNP和InDel主要发生在基因间隔区，数量多达4 000 310,其次为内含子区域，数量为226 301。基于SNPs多样性的聚类分析和群体结构分析均揭示64份地方白辣椒材料可分为2个类群，一个类群包含36份鲜食型白辣椒和1份观赏型白辣椒，另一个类群包含27份观赏型白辣椒。主成分分析中，两个类群分别聚类于PC1和PC2两个不同区域。研究结果揭示了白辣椒种质资源的群体结构和遗传多样性，为今后的白辣椒种质开发和利用奠定基础。