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基于转录组和WGCNA筛选小麦籽粒蛋白质累积相关调控基因

文献类型: 中文期刊

作者: 潘丽媛 1 ; 王永军 2 ; 李海军 2 ; 侯富 2 ; 李菁 2 ; 李丽丽 2 ; 孙苏阳 2 ;

作者机构: 1.江苏徐淮地区淮阴农业科学研究所

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关键词: 普通小麦;籽粒发育;蛋白质含量;加权基因共表达网络分析;转录因子

期刊名称: 中国农业科学

ISSN: 0578-1752

年卷期: 2025 年 58 卷 006 期

页码: 1065-1082

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: 【目的】小麦作为重要的粮食作物,鉴定参与籽粒蛋白质合成的基因调控网络,并确定关键候选基因,为小麦品质育种和改良提供理论依据。【方法】以淮麦48的6个发育时期(花后5、10、15、20、25和30 d)的籽粒为研究材料,总结小麦籽粒蛋白质累积规律,利用WGCNA方法分析转录组数据和籽粒蛋白质含量表型数据,构建加权基因共表达网络,筛选关键枢纽转录因子(transcript factors,TFs)。【结果】小麦籽粒蛋白质含量积累过程表现为先减少后升高的趋势,并且在花后25 d达到最低值(12.16%),相邻发育时期的蛋白质含量差异显著。在相邻发育时期之间共鉴定到25 427个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。通过聚类分析可分为5组(A—E),其中,B组的差异表达基因数量最多(10 906个),包含49个家族的1 022个转录因子,其中,NAC家族的TFs数量最多(107个)。通过WGCNA分析,发现5个与蛋白质含量显著相关的共表达模块。turquoise模块与蛋白质含量的正相关性最高(r=0.80,P=1×10-4)。通过整合差异表达基因和加权基因共表达网络,在2个模块(turquoise和blue)中发现了6个正向调控的枢纽TFs,分别来自MIKC-MADS、TCP、TALE和CPP家族。进一步对淮麦48的蛋白质含量与不同时期的基因表达量进行相关性分析,发现其中5个枢纽TFs的表达量与蛋白质含量存在显著正相关性,并且Traes CS5B03G0740100和Traes CS7D03G0590500在穗和籽粒中特异性高表达。【结论】鉴定到与小麦蛋白质含量累积相关的重要模块turquoise和blue模块,筛选到6个枢纽TFs,并发现2个重要的枢纽基因表达量与蛋白质含量呈显著正相关,且在穗和籽粒组织中特异性高表达,可作为小麦籽粒蛋白质积累调控的候选基因。

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