文献类型： 中文期刊
作者： 王茹 1 ; 罗永坚 1 ; 邱道寿 2 ;
作者机构： 1.广东省农业科学院作物研究所/广东省农作物遗传改良重点实验室
2.广东省农业科学院作物研究所
关键词： 二倍体紫苏;序列特征;系统发育分析;RSCU;RNA编辑;线粒体
期刊名称： 亚热带农业研究
ISSN： 1673-0925
年卷期： 2024 年 002 期
页码： 83-92
摘要： [目的]通过注释和组装二倍体紫苏线粒体基因组，旨在丰富其组学数据，为紫苏的种质鉴评和品种选育提供参考。[方法]利用Illumina和PacBio数据的组合，对二倍体紫苏的整个线粒体基因组进行了测序、注释和组装。[结果]组装得到的二倍体紫苏线粒体基因组长301 156 bp,具有典型的环状结构。基因组的GC含量为45.23%,共鉴定出59个独特基因，包括37个编码蛋白质的基因、20个tRNA基因和2个rRNA基因，其中8个编码蛋白质的基因含有18个内含子。二倍体紫苏线粒体基因组的密码子显示出明显的A/T偏好。检测到180个分散重复序列、78个简单序列重复和6个串联重复序列。此外，70个序列片段(12 680 bp)已从叶绿体转移到线粒体基因组，占整个线粒体基因组的4.23%。系统发育分析显示，在唇形科植物中，二倍体紫苏与丹参和Platostoma chinense最为密切相关。种间Ka/Ks比较表明，28个编码蛋白质的基因的Ka/Ks<1。[结论]本研究充实了二倍体紫苏线粒体基因组数据，可为其种质资源鉴评、新品种选育等研究提供理论依据。
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