文献类型： 中文期刊

作者： 雷阳 ¹ ; 成妍 ² ; 乔宁 ² ; 焦彦生 ² ; 苗如意 ² ; 杨玉花 ² ;

作者机构： 1.山西省农业科学院蔬菜研究所

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关键词： 辣椒;辣椒疫病;转录组;差异表达基因;功能

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2019 年 003 期

页码： 194-202

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了研究辣椒抗疫病分子机制,探究其与抗疫病相关的功能基因,通过对114份辣椒自然群体抗疫病鉴定,选取1份抗疫病辣椒材料和3份感疫病辣椒材料,利用Illumina RNA-seq测序平台进行高通量转录组测序,将所得高质量的序列(Clean reads)与PepperZunla1Refv1.0参考基因组进行比对.结果显示,有78.95%~85.11%的Clean数据比对到唯一的基因组位点.采用RPKM法计算基因表达量,并在此基础上以FDR≤0.001和|log2 Ratio|≥1为条件筛选出2组样本间差异表达基因.通过排列前10的Gene Ontology(GO)分类可以看出,主要功能有氧化还原酶活性、碳氧裂解酶活性、过氧化物酶活性、代谢过程和逆境响应等过程.其中,有117个差异基因能归入KEGG通路,包括25个上调差异基因,92个下调差异基因.在这些通路中,包括泛素介导的蛋白水解作用、氧化磷酸化、植物激素信号转导、磷脂酶D信号通路、磷脂酰肌醇信号系统等过程.通过研究发现,辣椒抗疫病是一个高度复杂的过程,它由多个交叉通路调节,包括新陈代谢过程、防御反应、激素调节等,这为后期深入研究辣椒抗疫病分子机理奠定基础.